II müalicə-profılaktika fakültəsi (II MPF) 1974-cü ildə eyniadlı fakültənin iki yerə ayrılması əsasında yaradılıb. Fakültənin ilk dekanı vəzifəsinə prof. R.A.Yusibov (1974-1975) təyin olunub. Sonrakı illər ərzində bu fakültənin dekanı vəzifəsini müxtəlif illərdə prof. İ.M.İsayev (1975-1987), prof. M.Y.Nəsirov (1987-1988), prof. B.M.Aşurov (1988-1989), dos. R.M.Məlikov (1989-1992), prof. C.T.Məmmədov (1992-1993), prof. Ə.Y.Əhmədzadə(1993-1994), prof. A.B.Baxşəliyev (1994-1995), prof. S.İ.Hadıyev (1995-1997), dos. M.Q.Köçərli(1997-2005), dos. T.M.İsmayılov (2005-2016) yerinə yerinə yetirib. 2016-ci ildə fakültənin dekanı vəzifəsinə dosent İsrail Şəmşəd oğlu Məhərrəmbəyli seçilib.
Dosent İ.Ş.Məhərrəmbəyli 1963-cü il noyabrın 4-də Tovuz rayonunun Düz Qırıxlı kəndində anadan olub. 1981-ci ildə orta məktəbi bitirdikdən sonra1981-1983-cü illərdə Sovet Ordusu sıralarında xidmət edib. 1992-ci ildə ATU-nun I MPF-nifərqlənmə diplomu ilə bitirdikdən sonra, həmin il I daxili xəstəliklər və reanimatologiya kafedrasında saxlanılıb və indiyə qədər həmin kafedranın dosentivəzifəsində çalışır. 2000-ci ildə namizədlikdissertasiyası müdafiə edib. 2007-ci ildən doktorluqdissertasiyası işi üzərində çalışır. O, 80-ə yaxın elmi işin, 2 metodik vəsaitin müəllifi və “Reanimatologiya” dərsliyinin həmmüəllifidir. 2011-2016-cı illərdə I MPF-nin Həmkarlar Təşkilatının sədri olub, 2016-cı ilin dekabr ayından II MPF-nin dekanı vəzifəsini yerinə yetirir. 
II MPF-nin kollektivi öz işini aşağıdakı istiqamətlərdə həyata keçirir: 1. Tədris prosesinin təşkili və onun təkmilləşdirilməsi; 2. Tədris-metodik işlərin səviyyəsinin yüksəldilməsi; 3. Elmi-tədqiqat işlərinin yerinə yetirilməsi və tələbə elmi cəmiyyətinin işi; 4. Elmi-texniki yeniliklərin tədrisdə tətbiqinə diqqətin artırılması; 5.Tərbiyəvi işin aparılması və s.
Fakültənin işinin əsasını təşkil edən tədris prosesi “Təhsil haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanununa, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin Qərarı ilə təsdiq edilmiş «Ali təhsil müəssisələrinin bakalavriat və magistratura səviyyələrində, əsas (baza ali) tibb təhsilində və Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının magistratura səviyyəsində kredit sistemi ilə tədrisin təşkili Qaydaları»na əsasən təhsil islahatlarına uyğun yeniləşdirilmiş təhsil proqramı və tədris planına müvafiq olaraq aparılır. 
Hazırda fakültədə 2145 tələbə təhsil alır. Onlardan 1803 nəfəri Azərbaycan bölməsində, 187 nəfəri rus bölməsində, 155 nəfər isə ingilis bölməsində (o cümlədən 21 nəfər “Sabah” qrupunda təhsil alan Azərbaycan vətəndaşları) təhsil alır. Azərbaycan bölməsində təhsil alan 1803 tələbədən 244-ü, rus bölməsində təhsil alan 187 tələbədən 47 nəfəri, ümumilikdə isə 425 nəfər  xarici ölkə vətəndaşıdır. Xarici tələbələr əsasən Türkiyə, İran, Pakistan, Sudan, Suriya, Yəmən, İraq, İsrail, Əfqanıstan, Fələstin, İordaniya vətəndaşlarıdır. 
Təhsil alan tələbələrdən 22 nəfəri Prezidenttəqaüdçüsüdür.
Fakültədə diplomaqədərki təhsil 6 ildir. Universiteti bitirən məzunlar rezidenturada təhsil alaraq Səhiyyə Nazirliyinin nomenklaturasında nəzərdə tutulan ixtisaslara yiyələnə bilirlər. Eyni zamanda rezidentura səviyyəsində hazırlıq keçmək iddiasında olmayan və rezidenturaya qəbul olunmayan məzunlar baza ali tibb təhsili əsasında Səhiyyə Nazirliyinin tibb müəssisələrində sahə həkimi - terapevt, herontoloq, dietoloq, həkim-laborant, ailə həkimi, ftiziatr, fizioterapevt, həkim-statistik, həkim-metodist, müalicəvi bədən tərbiyəsi üzrə həkim, təcili və təxirəsalınmaz tibbi yardım üzrə həkim fəaliyyəti ilə məşğul ola bilirlər. 
Hazırda fakültənin nəzdində 16 kafedra fəaliyyət göstərir: 1. II daxili xəstəliklər kafedrası (kafedra müdiri ə.e.x. prof. R.M.Məmmədhəsənov); 2. III daxili xəstəliklər kafedrası (kafedra müdiri prof.Ə.A.Hidayətov); 3. II cərrahi xəstəliklər kafedrası (kafedra müdiri prof. R.M.Ağayev); 4. Ümumi cərrahlıq kafedrası (kafedra müdiri prof. E.K.Ağayev); 5. II mamalıq və ginekologiyakafedrası (kafedra müdiri, ə.e.x., prof. H.F.Bağırova); 6. Travmatologiya və ortopediyakafedrası (kafedra müdiri dos. C.Ə.Nəsirli); 7.Urologiya kafedrası (kafedra müdiri AMEA-nın müxbir üzvü, prof. S.B.İmamverdiyev); 8. II uşaq xəstəlikləri kafedrası (kafedra müdiri akad. A.Ə.Namazova); 9. Ailə təbabəti kafedrası (kafedra müdiri dos. M.S.Salihov); 10. Şüa diaqnostikası və terapiyası kafedrası (kafedra müdiri dos. M.C.Sultanova); 11. Fizioterapiya və tibbi reabilitasiya kafedrası (kafedra müdiri AMEA-nın müxbir üzvü prof. Ə.V.Musayev); 12. Patoloji anatomiya kafedrası (kafedra müdiri prof. Ə.B.Həsənov); 13. Patoloji fiziologiya kafedrası (kafedra müdiri ə.e.x. prof. S.C.Əliyev); 14.Psixiatriya kafedrası (kafedra müdiri prof. G.Ç.Gəraybəyli); 15. Normal fiziologiya kafedrası (kafedra müdiri AMEA-nın müxbir üzvü, prof.A.M.Məmmədov); 16. Tibbi fizika və informatikakafedrası (kafedra müdiri dos. Ş.Q.Bayramov).
Fakültənin nəzdində olan kafedralardaümumilikdə 469 nəfər əməkdaş fəaliyyət göstərir. Onlardan 1 nəfər akademik (Adilə Namazova), 4nəfər professor, AMEA-nın müxbir üzvü (Südeyf İmamverdiyev, Arif Məmmədov, Yaqub Məmmədov, (Əlişir Musayev), 42 nəfər elmlər doktoru, professor, 105 nəfər t.e.ü.f.d., dosent, 86nəfər t.e.ü.f.d., assistent, 86 nəfər assistent, 18 nəfər baş müəllim, (11 nəfər t.e.ü.f.d., baş laborant, 105 nəfər baş laborant, 52 nəfər texniki işçilərdir). Bundan əlavə, fakültədə 19 doktorant, 23 dissertant ali təhsildən sonrakı ixtisas təhsili alır. 

II müalicə-profilaktika fakültəsinin strukturuna əlavə olaraq aiddir: 
1. I-II kuslar üzrə dekan müavini - S.H.Məhərrəmova (Farmakologiya kafedrasının dosenti); 2.III-IV kurslar üzrə dekan müavini – Z.M.Məmmədov (Məhkəmə təbabəti kafedrasının dosenti); 3.V-VI kurslar üzrə dekan müavini –A.A.Bəydəmirova (Kliniki farmakologiyakafedrasının dosenti); 4. I-II kurslar üzrə akademik məsləhətçi – Ş.E.Əliyeva (Patoloji anatomiya kafedrasının assistenti); 5. III-IV kurslar üzrə akademik məsləhətçi – A.S.Şıxəliyeva (Terapevtik və pediatrik propedevtika kafedrasının baş laborantı);6. V-VI kurslar üzrə akademik məsləhətçi – N.Ş.Bayramova (Bioloji kimya kafedrasının assistenti); 7. Fakültə Həmkarlar Təşkilatının sədri – N.V.Əliyeva (Fizioterapiya və tibbi reabilitasiya kafedrasının assistenti, t.e.ü.f.d.)
Fakültə Elmi şurası: II müalicə-profilaktika fakültəsinin Elmi şurasının 61 üzvü vardır.Onlardan 1 nəfəri akademik, 2 nəfəri AMEA-nın müxbir üzvü, 23 nəfəri professor, 25 nəfəri dosent, 2 nəfəri assistent, t.e.ü.f.d, 8 nəfəri isə universitetin ictimai həyatında fəal iştirak edən tələbələrdir. 
Fakültə Elmi şurasının sədri – dos.İ.Ş.Məhərrəmbəyli; sədr müavini –dos.Z.M.Məmmədov; Elmi katib – G.Ə.Həsənova (Normal fiziologiya kafedrasnın dosenti); Fakültə Elmi şurasına daxil olan tələbələr: tələbə dekanı –Emin Hüseynov (IV kurs tələbəsi); Tələbə Həmkarlar Təşkilatının sədri –Nihad Novruzov (III kurs tələbəsi); Tələbə Gənclər Təşkilatının sədri Dilbər Əliyeva – (II kurs tələbəsi); YAP Gənclər Birliyinin sədri –Asya Məmmədli (III kurs tələbəsi); Tələbə Elmi Cəmiyyətinin sədri –Fidan Bəylərova (V kurs tələbəsi); IV kurs tələbələri Leyla Gəncəliyeva, Aişə Nurməmmədova, II kurs tələbəsi Yusuf Xəlil.
Fakültəyə daxil olan kafedralarda son onillik ərzində 60 dərslik, 118 dərs vəsaiti, 17 metodik vəsait, 40 monoqrafiya çap olunub. Bununla yanaşı elmi-tədqiqat işlərinə uyğun olaraq 2742 məqalə (1970 yerli, 772 xarici mətbuatda) və 1727 tezis (1238 yerli mətbuat, 489 xarici mətbuat) dərc olunub.
Çap olunan dərsliklərdən nümunələrə aiddir: -C.N. Hacıyev: “Ümumi cərrahlıq” I, II cild, dərslik, 2013”; ə.e.x., prof S.C.Əliyev, prof. Əliyev M.X.“Patoloji fiziologiya-I” I cild dərslik, 2015; ə.e.x., prof S.C.Əliyev, prof. Əliyev: M.X.“Patoloji fiziologiya-II, II cild dərslik, 2016; R.M.Məmmədhəsənov, M.Ə.Məhərrəmov, A.B.Hacıyev, F.M.Zeynalov, S.Q.Məhərrəmova: “ Daxili orqanların xəstəliklərinin diaqnozu və müalicəsi” I, II, III dərslik, 2012, 2014, 2019; R.Mahmudov “ Tibbi fiziologiyanın əsasları”,dərslik, 2017
2010-2019-cu illər ərzində fakültədə 48 tibb elmləri doktoru, 133 tibb elmləri üzrə fəlsəfə doktoru yetişdirilib. Fakültəyə aid olan kafedralarda hazırda 19 doktorant, 23 dissertant elmi-tədqiqat işi üzərində çalışır. 
Fakültə üzrə ümumilikdə 50 səmərələşdiricitəklif üzrə şəhadətnamə alınıb, 12 qrand layihəsi qazanılıb.
Fakültə üzrə Tələbə Elmi Cəmiyyətinin rəhbəri dos. Aqil Əliyev (Normal fiziologiya kafedrasının dosenti), fakültə üzrə Tələbə Elmi Cəmiyyətinin sədri Fidan Bəylərova (V kurs tələbəsi).
Son onillikdə fakültəyə aid olan kafedralarda Tələbə Elmi Cəmiyyəti xətti ilə çoxsaylı elmi-tədqiqat işi aparılıb, onlardan 622 elmi-tədqiqat işi Fakültə Tələbə Elmi Cəmiyyətinin konfranslarında məruzə edilib, 99 elmi-tədqiqat işinə diplom və sertifikatlar verilib.