Azərbaycanda ali əczaçılıq təhsilinin tarixi 1938-ci ildən başlanır. Həmin ildə Bakıda Azərbaycan Dövlət Əczaçılıq İnstitutu təşkil edilmişdir. Institutun rektoru vəzifəsini bacarıqlı təşkilatçı və siyasi dövlət xadimi prof.Əziz Məmmədkərim oğlu Əliyev, prorektoru vəzifəsini prof.Əbdüləhəd Səftər oğlu Həsənov, dekan vəzifəsini isə əczaçılıq magistri İ.K.Qolberq yerinə yetirmişdir. Dərslər 1939-cu ilin fevral ayında başlanmışdır. Burada tədris işləri ilə, əsasən, tibb institutunun müəllimləri məşğul olurdu. 1941-1945-ci illərdə Böyük Vətən müharibəsi başladıqdan sonra institut əməkdaşlarının bir hissəsi ordu sıralarına cəlb edildiyinə görə tədris prosesində ciddi çətinliklər yaranmışdı. Bunu əsas tutaraq 1942-ci ildə Əczaçılıq İnstitutu ləğv edilmiş, onun bazası və tələbələri Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunda təşkil edilən əczaçılıq fakültəsinə verilmişdir. 1945-ci ildə fakültənin 220 tələbəsi olmuşdur. 1957-ci ildən əczaçılıq fakultəsinin qiyabi şöbəsi də fəaliyyətə başlamışdır. Lakin sonralar ali əczaçılıq təhsilinin qiyabi tədrisinin məqsədəuyğun olmadığı nəzərə alınaraq bu şöbə 1969-cu ildə bağlanmışdır. Ötən illər ərzində bu şöbədə 240 nəfər orta təhsilli əczaçı ali təhsil almışdır. Fakültənin nəzdində 1953-1957-ci illərdə və 1964-cü ildə təkmilləşdirmə kursları fəaliyyət göstərmişdir. Bu kurslarda əczaçılıq işinin təşkili üzrə 533 nəfər, əczaçılıq texnologiyası üzrə 351 nəfər, aptek işi üzrə 207 nəfər (cəmi 1091 nəfər) ixtisaslaşma kursu keçmişdir;
Əczaçılıq fakültəsi müxtəlif illərdə SSRİ-nin bir sıra respublikaları (o cümlədən Türkmənistan, Qazaxıstan, Gürcüstan də Ermənistan) üçün də kadrlar hazırlamışdır. Sonrakı illərdə isə fakültədə Azərbaycan vətəndaşlarından başqa Türkiyə, İran, Suriya, Anqola, Nigeriya, Sudan, İraq, Əfqanıstan və b. ölkələrin gəncləri də təhsil almışdır.

DEKANLAR
Keçən illər ərzində əczaçılıq fakültəsinə görkəmli əczaçı və kimyaçı alimlər rəhbərlik etmişlər. Bunlara İsaak Qolberq (1941-1943); Rüstəm Qambay oğlu Əliyev (1943-1965); İsrafil Adış oğlu Dəmirov (1965-1970); Dursun Yaqub oğlu Hüseynov (1970-1972); Rauf Əliməmməd oğlu Babaxanov (1972-1977); Ayişə Xanməmməd qızı Rəhimova (1977-1980); Qayıbverdi Bəşir oğlu İsgəndərov (1980-1983); Fərman Əlibala oğlu Təhməzov (1983-1993); Arif Mustafa oğlu Əfəndiyev (1993-1994); Dilqəm Bəbir oğlu Tağıyev (1994-1995); Rafiq Böyükağa oğlu Bağırov (1995-2004);

MƏZUNLAR
Hazırda Azərbaycan 5000-dən artıq ali təhsilli əczaçı bakalavr və magistr vardır. Bunların demək olar ki, hamısı ATU-nun əczaçılıq fakültəsinin məzunlarıdır. İndiyə kimi fakültənin ixtisas kafedralarında 11 nəfər doktorluq, 44 nəfərdən artıq əməkdaş əczaçılıq üzrə fəlsəfə doktorluğu dissertasiyası müdafiə etmişdir.
AMEA-da çalışan bir çox aparıcı kimya və biologiya elmləri doktorları bu təhsil ocağının yetirmələridir.
 
ƏCZAÇILIQ FAKÜLTƏSİ BU GÜN
Son illərdə ölkəmizdə ali təhsil sahəsində aparılan islahatlar əczaçılıq fakültəsinin fəaliyyətində də öz əksini tapmışdır. Bu islahatlarla əlaqədar, fakültədə çoxpilləli təhsil sisteminə keçilmişdir. 2004-cü ildə Fakültədə təhsil müddəti 4 ilə endirilmiş, məzunlara bakalavr diplomu verilmişdir. Hazırda fakültənin ən fəal məzunları əczacılıq texnologiyası, əczaçılıq kimyası, toksikoloji kimya və farmakoqnoziya ixtisasları üzrə magistraturada təhsillərini davam etdirirlər.

MAGİSTRATURA
Magisraturada təhsil müddəti 2 ildir: Əczaçılıq fakültəsində təhsil alan 400-ə yaxın tələbə xüsusi fənnlərindən başqa normal fiziologiya və insan anatomiyası, patoloji fiziologiya fənlərini, tibbin bəzi klinik fənlərini, eləcə də bir sıra ümumtəhsil fənlərini öyrənir, dərmanların keyfiyyətini yoxlamaq üzrə praktik vərdişlər əldə etməklə bərabər yeni dərman preparatlarının alınması üzrə təcrübələrini, nəzəri bilikləini təkmilləşdirirlər. Tələbələr, həmçinin dərmanlar haqqında vahid informasiya sistemi yaratmaq sahəsində aparılan elmi-tədqiqat işlərində də iştirak edirlər.
Hal-hazirda fakültədə həm xarici ölkə vətəndaşları olan tələbələr, həm də respublikamızın 350-dən çox tələbəsi müvafiq olaraq Azərbaycan, rus və ingilis dillərində bakalavr və magistr pilləsində təhsil alırlar. Təhsil alanlara əczaçılıq elminin əsasları öyrədilir. Fakültənin tələbələri kimyəvi analizin müasir metodlarının həyata keçirilməsi və yeni dərman preparatlarının alınması üzrə bilik və təcrübə toplayır, dərmanların orqanizmə təsirini, eləcə də onların keyfiyyətini öyrənmək ücün ətraflı məlumatlar əldə edirlər.