II müalicə-profılaktika fakültəsi (II MPF) 1974-cü ildə eyniadlı fakultənin 2 yerə ayrılması əsasında yaradılıb. Fakültənin ilk dekanı vəzifəsinə prof. R.A.Yusibov (1974-1975) təyin olunub.  Sonrakı illər ərzində bu fakültənin dekanı vəzifəsini müxtəlif illərdə prof. İ.M.İsayev (1975-1987), prof. M.Y.Nəsirov (1987-1988), prof. B.M.Aşurov (1988-1992), prof. C.T. Məmmədov (1992-1993), prof. Ə.Y.Əhmədzadə(1993-1994), prof. A.B.Baxşəliyev (1994-1995) prof. S.İ.Hadıyev (1995-1997), dos. M.Q.Köçərli (1997-2005), dos.T.M.İsmayılov (2005-2016) yerinə yetirib. 2016-ci ildə fakültənin dekanı vəzifəsinə dosent İsrail Şəmşəd oğlu Məhərrəmbəyli seçilib.

Dosent İ.Ş.Məhərrəmbəyli 1963-cü il noyabrın 4-də Tovuz rayonunun Düz Qırıxlı kəndində anadan olub. 1981-ci ildə orta məktəbi bitirdikdən sonra1981-1983-cü illərdə Sovet Ordusu sıralarında xidmət edib. 1992-ci ildə ATU-nun I MPF-ni fərqlənmə diplomu ilə bitirdikdən sonra, həmin il I daxili xəstəliklər və reanimatologiya kafedrasında saxlanılıb və indiyə qədər həmin kafedranın dosentivəzifəsində çalışır. 2000-ci ildə namizədlikdissertasiyası müdafiə edib. 2007-ci ildən doktorluqdissertasiyası işi üzərində çalışır. O, 80-ə yaxın elmi işin, 2 metodik vəsaitin müəllifi və “Reanimatologiya” dərsliyinin həmmüəllifidir. 2011-2016-cı illərdə I MPF-nin Həmkarlar Təşkilatının sədri olub, 2016-cı ilin dekabr ayından II MPF-nin dekanı vəzifəsini yerinə yetirir. 

II müalicə-profilaktika fakültəsi Azərbaycan Tibb Universitetinin ən böyük fakültələrindən biridir.Burada Müalicə işi üzrə həkim ali peşə ixtisas dərəcəsi olan kadrlar hazırlanır.Fakültənin I-III kurslarında təbabətin təməl fənləri,IV-VI kurslarında isə klinik fənlər tədris olunur.Müalicə fakültəsini bitirən məzunlar rezidenturada təhsilini davam etdirərək anesteziologiya-reanimatologiya, ümumi cərrahiyyə, neyrocərrahiyyə, plastic cərrahiyyə, ürək-damar cərrahiyyəsi, travmatologiya-ortopediya, otorinolarinqologiya, oftalmologiya, onkologiya, mama-ginekologiya, urologiya, terapiya, kardiologiya, nefrologiya, nevrologiya, qastroenterologiya, pediatriya, hemotologiya, psixiatriya, narkologiya, pulmonologiya, yoluxucu xəstəliklər, immunologiya, allerqologiya, fizioterapiya, şüa diaqnostika, şüa terapiyası, patoloji anatomiya, məhkəmə təbabəti, genetika və sair ixtisaslara yiyələnə bilirlər. Fakültənin tərkibində olan kafedralarda tədrislə yanaşı təbabətin müxtəlif problemləri və onların həlli yollarının araşdırılması istiqamətində elmi tədqiqat işləri də aparılır.

II MPF-nin kollektivi öz işini aşağıdakı istiqamətlərdə həyata keçirir: 1. Tədris prosesinin təşkili və onun təkmilləşdirilməsi; 2. Tədris-metodik işlərin səviyyəsinin yüksəldilməsi; 3. Elmi-tədqiqat işlərinin yerinə yetirilməsi və tələbə elmi cəmiyyətinin işi; 4. Elmi-texniki yeniliklərin tədrisdə tətbiqinə diqqətin artırılması; 5.Tərbiyəvi işin aparılması və s.
Fakültənin işinin əsasını təşkil edən tədris prosesi “Təhsil haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanununa, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin Qərarı ilə təsdiq edilmiş «Ali təhsil müəssisələrinin bakalavriat və magistratura səviyyələrində, əsas (baza ali) tibb təhsilində və Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının magistratura səviyyəsində kredit sistemi ilə tədrisin təşkili Qaydaları»na əsasən təhsil islahatlarına uyğun yeniləşdirilmiş təhsil proqramı və tədris planına müvafiq olaraq aparılır. 

Hazırda fakültədə 2175 tələbə təhsil alır. Onlardan 1608 nəfəri Azərbaycan bölməsində, 172 nəfəri rus bölməsində, 368 nəfər isə ingilis bölməsində  təhsil alır. Xarici tələbələr əsasən Türkiyə, İran, Pakistan, Sudan, Suriya, Yəmən, İraq, İsrail, Əfqanıstan, Fələstin, İordaniya vətəndaşlarıdır. 

Təhsil alan tələbələrdən 8 nəfəri Prezident təqaüdçüsüdür.
Fakültədə diplomaqədərki təhsil 6 ildir. Universiteti bitirən məzunlar rezidenturada təhsil alaraq Səhiyyə Nazirliyinin nomenklaturasında nəzərdə tutulan ixtisaslara yiyələnə bilirlər. Eyni zamanda rezidentura səviyyəsində hazırlıq keçmək iddiasında olmayan və rezidenturaya qəbul olunmayan məzunlar baza ali tibb təhsili əsasında Səhiyyə Nazirliyinin tibb müəssisələrində sahə həkimi - terapevt, herontoloq, dietoloq, həkim-laborant, ailə həkimi, ftiziatr, fizioterapevt, həkim-statistik, həkim-metodist, müalicəvi bədən tərbiyəsi üzrə həkim, təcili və təxirəsalınmaz tibbi yardım üzrə həkim fəaliyyəti ilə məşğul ola bilirlər. 

Hazırda fakültənin nəzdində 17 kafedra fəaliyyət göstərir:

1. II daxili xəstəliklər kafedrası (kafedra müdiri ə.e.x. prof. R.M.Məmmədhəsənov);

2. III daxili xəstəliklər kafedrası (kafedra müdiri prof.Ə.A.Hidayətov); 

3. II cərrahi xəstəliklər kafedrası (kafedra müdiri prof. R.M.Ağayev);

4. Ümumi cərrahlıq kafedrası (kafedra müdiri prof. E.K.Ağayev);

5. II mamalıq və ginekologiyakafedrası (kafedra müdiri, ə.e.x., prof. H.F.Bağırova);

6. Travmatologiya və ortopediyakafedrası (kafedra müdiri dos. C.Ə.Nəsirli); 

7. Urologiya kafedrası (kafedra müdiri AMEA-nın müxbir üzvü, prof. S.B.İmamverdiyev olmuşdur,hazırda Prof.Rauf Nağıyev Nəriman oğlu rəhbərlik edir);

8. II uşaq xəstəlikləri kafedrası (kafedra müdiri akad. A.Ə.Namazova olmuşdur,hazırda prof.Sultanova Nailə Həsən qızı rəhbərlik edir);

9. Ailə təbabəti kafedrası (kafedra müdiri dos. M.S.Salihov olmuşdur,prof.İbrahim İsayev rəhbərlik edir); 

10. Şüa diaqnostikası və terapiyası kafedrası (kafedra müdiri prof. M.C.Sultanova);

11. Patoloji anatomiya kafedrası (kafedra müdiri prof. Ə.B.Həsənov);

12. Patoloji fiziologiya kafedrası(kafedra müdiri ə.e.x. prof. S.C.Əliyev);

13.Psixiatriya kafedrası (kafedra müdiri prof. G.Ç.Gəraybəyli); 

14. Normal fiziologiya kafedrası (kafedra müdiri AMEA-nın müxbir üzvü, prof. A.M.Məmmədov);

15. Tibbi fizika və informatikakafedrası (kafedra müdiri dos. Qafarov İsmayıl).

16.Təcili Tibb kafedrası(kafedra müdiri dos.Nadir Zeynalov)

17.Tibb və Sağlamlıq elmləri təhsili kafedrası(kafedra müdiri dos.Cavadlı Samir)

Fakültənin nəzdində olan kafedralarda ümumilikdə 469 nəfər əməkdaş fəaliyyət göstərir. Onlardan  3 nəfər professor, AMEA-nın müxbir üzvü (Südeyf İmamverdiyev, Arif Məmmədov, Yaqub Məmmədov, 45 nəfər elmlər doktoru, professor;5 nəfər tibb elmləri doktoru, 104 nəfər t.e.ü.f.d., dosent, 77 nəfər t.e.ü.f.d., assistent, 97 nəfər assistent, 11 nəfər baş müəllim, (11 nəfər t.e.ü.f.d., baş laborant, 105 nəfər baş laborant, 52 nəfər texniki işçilərdir). Bundan əlavə, fakültədə 19 doktorant, 23 dissertant ali təhsildən sonrakı ixtisas təhsili alır. 

II müalicə-profilaktika fakültəsinin strukturuna əlavə olaraq aiddir:
1. I-II kuslar üzrə dekan müavini - S.H.Məhərrəmova (Farmakologiya kafedrasının dosenti); 2. II-III kurslar üzrə dekan müavini –A.A.Bəydəmirova (Kliniki farmakologiyakafedrasının dosenti 3.V-VI kurslar üzrə dekan müavini – Z.M.Məmmədov (Məhkəmə təbabəti kafedrasının dosenti); ; 4. I-II kurslar üzrə akademik məsləhətçi – Ş.E.Əliyeva (Patoloji anatomiya kafedrasının assistenti); 5. III-IV kurslar üzrə akademik məsləhətçi – L.Q.Bayramova (Nevrologiya kafedrasının baş laborantı);6. V-VI kurslar üzrə akademik məsləhətçi – A.C.Orucova (Yoluxucu xəstəliklər kafedrasının baş laboranti); 7. Fakültə Həmkarlar Təşkilatının sədri – N.V.Əliyeva (Travmotologiya və ortopediya kafedrasının dosenti,t.e.ü.f.d.)

Fakültə Elmi şurası: II müalicə-profilaktika fakültəsinin Elmi şurasının 71 üzvü vardır.Onlardan, 61 nəfəri professor-müəllim heyyəti 10 nəfəri isə fakultənin ictimai həyatında iştirak edən tələbələrdən ibarətdir.61 nəfər Şura üzvlərindən 1 nəfəri AMEA-nın müxbir üzvü, 23 nəfəri professor, qalanları isə dosent və asistentlərdən ibarətdir.Fakültə Elmi şurasının sədri – dos.İ.Ş.Məhərrəmbəyli; sədr müavini –dos.Z.M.Məmmədov; Elmi katib – G.Ə.Həsənova (Normal fiziologiya kafedrasnın dosenti); Fakültə Elmi şurasına daxil olan tələbələr: tələbə dekanı –Xəlil Yusuf (VI kurs tələbəsi); Tələbə Həmkarlar Təşkilatının sədri –Hüseynova Zivər Tahir qızı (IV kurs tələbəsi); Tələbə Gənclər Təşkilatının sədri İbrahimova Jalə Azər qızı– (III kurs tələbəsi); YAP Gənclər Birliyinin sədri –Kərimzadə Şəbnəm Şəhriyar qızı(Vkurs tələbəsi); Tələbə Elmi Cəmiyyətinin sədri –Seyfullayeva Fidan Yusif qızı (V kurs tələbəsi); III kurs tələbələri Baxşəliyev Eldar Fətəli oğlu, IV kurs tələbəsi Nəzərov Aqil Elnur oğlu,III kurs tələbəsi Səfərli Həmid Xəqani,IV kurs tələbəsi Səfərova Qızbıs Tanrıverdi və V kurs tələbəsi Ağayeva Lalə Oruc qızı.

Fakültəyə daxil olan kafedralarda son onillik ərzində 60 dərslik, 118 dərs vəsaiti, 17 metodik vəsait, 40 monoqrafiya çap olunub. Bununla yanaşı elmi-tədqiqat işlərinə uyğun olaraq 2742 məqalə (1970 yerli, 772 xarici mətbuatda) və 1727 tezis (1238 yerli mətbuat, 489 xarici mətbuat) dərc olunub.

Çap olunan dərsliklərdən nümunələrə aiddir: -C.N. Hacıyev: “Ümumi cərrahlıq” I, II cild, dərslik, 2013”; ə.e.x., prof S.C.Əliyev, prof. Əliyev M.X.“Patoloji fiziologiya-I” I cild dərslik, 2015; ə.e.x., prof S.C.Əliyev, prof. Əliyev: M.X.“Patoloji fiziologiya-II, II cild dərslik, 2016; R.M.Məmmədhəsənov, M.Ə.Məhərrəmov, A.B.Hacıyev, F.M.Zeynalov, S.Q.Məhərrəmova: “ Daxili orqanların xəstəliklərinin diaqnozu və müalicəsi” I, II, III dərslik, 2012, 2014, 2019; R.Mahmudov “ Tibbi fiziologiyanın əsasları”,dərslik, 2017

Hazırda fakültədə 48 tibb elmləri doktoru, 133 tibb elmləri üzrə fəlsəfə doktoru yetişdirilib. Fakültəyə aid olan kafedralarda hazırda 19 doktorant, 23 dissertant elmi-tədqiqat işi üzərində çalışır. 

Fakültə üzrə ümumilikdə 50 səmərələşdiricitəklif üzrə şəhadətnamə alınıb, 12 qrand layihəsi qazanılıb.
Fakültə üzrə Tələbə Elmi Cəmiyyətinin rəhbəri dos. Aqil Əliyev (Normal fiziologiya kafedrasının dosenti), fakültə üzrə Tələbə Elmi Cəmiyyətinin sədri Fidan Bəylərova (V kurs tələbəsi).

Son onillikdə fakültəyə aid olan kafedralarda Tələbə Elmi Cəmiyyəti xətti ilə çoxsaylı elmi-tədqiqat işi aparılıb, onlardan 622 elmi-tədqiqat işi Fakültə Tələbə Elmi Cəmiyyətinin konfranslarında məruzə edilib, 99 elmi-tədqiqat işinə diplom və sertifikatlar verilib.