Təbabətin nəzəri hissəsi ilə kliniki hissəsi arasında daha da sıx əlaqə yaratmaq məqsədilə SSRİ Nazirlər Sovetinin 12 avqust 1961-ci il tarixli 735 №-li əmrinə əsasən tibb institutları və həkimləri təkmilləşdirmə institutu nəzdində Mərkəzi Elmi-Tədqiqat laboratoriyası ETML yaradılması haqqında əmr verilmişdir. Həmin əmrə əsasən bu elmi idarənin qarşısında aşağıdakı vəzifələr qoyulmuşdur.
Kliniki kafedraların və Respublika Səhiyyə Nazirliyinin tabeliyində olan klinikaların əməkdaşları ilə birlikdə eksperimental, klinik və fundamental elmi tədqiqat işləri aparmaq;
Patoloji proseslərin yeni modellərini yaratmaq, mövcud modellərin təkmilləşdirilməsi üçün üsullar araşdırmaq, tədqiqat metodları və eksperimental  müalicə üsulları işləyib hazırlamaq;
Mərkəzi Elmi-Tədqiqat laboratoriyasına ezam edilmiş tədqiqatçılara elmi-metodik kömək göstərmək, onlara elmi tədqiqat işlərinin aparılması üçün şərait yaratmaqdır.
Mərkəzi Elmi-Tədqiqat laboratoriyasının əməkdaşları tərəfindən tibb elminin aktual problemləri üzrə sərbəst elmi tədqiqat işləri aparmaq.
Azərbaycan SSR Nazirlər Sovetinin müvafiq qərarı əsasında 1962-ci ildə N.Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun indiki Azərbayjan Tibb Universitetinin nəzdində 75 nəfərlik ştat üzrə ETML yaradıldı. Beləliklə 1962-ci ilin sentyabr ayından Fiziologiya və patofiziologiya, Biokimya, Morfologiya, İmmunologiya şöbələrindən ibarət METL fəaliyyətə başladı. Bundan əlavə laboratoriyanın strukturuna mühəndis-texniki qruppu, fotolaboratoriya və vivarium daxil edilmişdir.
N.Nərimanov adına Azərbaycan Tibb Unversitetinin rektorunun əmri əsasında Mərkəzi Elmi-Tədqiqat laboratoriyasına Tibb elmləri doktoru Rza İbrahim oğlu Səfərov təyin edilmişdir. O, 1962-ci ildən 1967-ci ilə qədər Mərkəzi Elmi-tədqiqat laboratoriyasına uğurla rəhbərlik etmişdir. Mərkəzi Elmi-Tədqiqat laboratoriyası ilə klinik kafedraları daha da yaxınlaşdırmaq və mövcud olan tibbi problemin birgə həllini təmin etmək məqsədilə 1966-cı ildə N.Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb institutunun rektorunun 11 oktyabr tarixli 271 №li əmrinə əsasən laboratoriyanın daxili ştatları hesabına «Kliniki fiziologiya» qrupu yaradılmış və sinir xəstəlikləri kafedrasının dosenti tibb elmləri  namizədi Y.L.Qorbulyov həmin qrupa rəhbər təyin edilmişdir və 1971-ci  ildə həmin qrupun fəaliyyəti dayandırılmışdır. 1967-ci  ildən 1969-cu ilə qədər Mərkəzi Elmi-Tədqiqat laboratoriyasına tibb elemləri namizədi, dosent Ə.S.Səmədov rəhbərlik etmişdir.
1969-1973-cü illərdə METL-na tibb elmləri namizədi Zakir Ömər oğlu Qarayev rəhbərlik etmişdir.
1973-1974-cü illərdə Mərkəzi Elmi-Tədqiqat laboratoriyasının rəhbərliyi müvəqqəti olaraq Əməkdar elm xadimi, professor N.A.Rzayevə həvalə olunmuş, 1974-cü ildə isə dosent O.B.İsmayılov rəhbər təyin edilmişdir.
1976-cı ildən 1982-ci ilə qədər Mərkəzi Elmi-Tədqiqat laboratoriyasına tibb elmləri doktoru R.T.Fərmanov rəhbərlik etmişdir. Bu illər ərzində  3 istiqamətdə elmi tədqiqat işləri aparılmışdır.
1. Miokard infarktının kəskin dövründə pozulmuş koronar qan dövranının cərrahi  üsulla  korreksiyası üçün adekvat  mütodun işlənilib  hazırlanması.
2. Hamilə qadın zahı və yenidoğulmuşların sağlamlığının mühafizəsinin elmi əsasları.
3. Yeni farmakoloji preparatların axtarışı, onların təsir mexanizminin öyrənilməsi.
1982-ci ildə SSRİ Səhiyyə Nazirliyinin əmrinə əsasən Mərkəzi Elmi-Tədqiqat laboratoriyasının rəhbəri müvafiq ali məktəbin rektorunun təqdimatına əsasən Respublika Səhiyyə Nazirliyinin kollegiyasının qərarına əsasən təyin edildi. Həmin qərara uyğun olaraq 1982-ci ildə tibb elmləri namizədi Q.Ş.Qarayev Mərkəzi Elmi-Tədqiqat laboratoriyasının müdiri vəzifəsinə təyin edildi.
1982-1991-ci illərdə METL-Moskvanın bir sıra elmi mərkəzləri o cümlədən Elmi Tədqiqat İnstitutları ilə birlikdə konturpulsatorun, yardımçı qan dövranı aparatının və süni ürəyin düzəldilməsi və orqanizmə qoşulması istiqamətində elmi tədqiqat işləri aparmışlar.
1987-1991-ci illər ərzində  Mərkəzi Elmi Tədqiqat Laboratoriyasında yerinə yetirilən elmi-tədqiqatların başlıca istiqaməti «Ürəyin magistral arteriyasının tutulması zamanı koronar qan dövranının tənzimlənməsi» olmuşdur. Bu mövzü üzrə göstərilən müddət ərzində 3 doktorluq, 11 namizədlik dissertasiyası yerinə yetirilərək müvəfəqiyyətlə müdafiə edilmişdir. Əməkdaşlar 33 ixtiraya görə müəlliflik şəhadətnaməsi almışlar. Göstərilən dövrdə daha 3 elmi məcmuə (8-ci, 9-cu və 10-cu cilidlər) nəşr edilmişdir. Mərkəzi Elmi-Tədqiqat Laboratoriyasına ezam olnmuş 67 nəfər tədqiqatçıdan 16 nəfəri doktorluq, 51 nəfəri namizədlik dissertasiyasını tamamlamışlar.
1995-ci ildə METL-in direktorunun təşəbüsü ilə rektor akademik Ə.T.Əmiraslanovun dəstəyi əsasında Universitetin tarixində ilk dəfə olaraq aylıq elmi-kütləvi «Sağlamlıq» jurnalı nəşr edildi. Bu mühüm iş Mərkəzi Elmi-Tədqiqat Laboratoriyasına həvalə edildi. Qeyd edək ki, hazırda jurnal 204 səhifə həcmində 5 nömrədə nəşr edilir və dünyanın bir çox ölkələrinə yayımlanır.
Bundan əlavə laboratoriyanın maddi texniki bazasının yaxşılaşdırılması sayəsində 1994-cü ildən başlayaraq kliniki təbabət üçüne həlli vacib olan 2 böyük tədqiqat işi planlaşdırılmışdır.
1. Peritoneal intoksikasiyada müsariqə limfa düyünlərinin morfofunksional vəziyyəti və onun tənzimlənmə üsullarının araşdırılması.
2. Bitki mənşəli yeni dərman preparatlarının aşkara çıxarılması və onların farmakololji təsirinin öyrənilməsi.
Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 6 noyabr 1995-ci il tarixli 242 saylı qərarına əsasən onun adı dəyişdirilmiş və Elmi-Tədqiqat Mərkəzi statusu verilmişdir. Onun ştat cədvəli 102 nəfərə çatdırılmış və strukturu da dəyişmişdir. Artıq 12 bölmədən ibarət olmuşdur. Şöbələrin 5-nə elmlər doktoru rəhbərlik edir.
2000-ci ildə Azərbaycan Tibb Universitetinin 70 illik yubileyi  münasibətilə ölkə başcısı cənab prezidentin sərəncamı ilə Elmi-Tədqiqat Mərkəzinin direktoruna ən yüksək ad - Əməkdar Elm Xadimi adı verilmişdir.
2005-2009-cu illər ərzində Elmi-Tədqiqat Mərkəzində Səhiyyə Nazirliyi tabeliyində olan müəssisələrdən, o cümlədən Azərbaycan Tibb Universitetindən ezam olunmuş 55 nəfər tədqiqatçıya  elmi metodik kömək göstərilmişdir. Onlardan 8 nəfəri elmlər doktoru, 47 nəfəri isə elmlər namizədi dissertasiyaları üzrə elmi tədqiqat işləri aparmışlar. Elmi-Tədqiqat Mərkəzinin əməkdaşları da bu illərdə elmi inkişafdan geri qalmamış onlardan 3 nəfəri dissertasiyalarını müdafiə edərək tibb elmləri namizədi elmi dərəcəsini almışlar. 2 nəfəri isə dissertasiyalarını tamamlayaraq dissertasiya müdafiəsi şurasına təqdim etmişlər.
2009-2013 cü illər ərzində Elmi Tədqiqat Mərkəzində 54 nəfər iddaçı elmi tədqiqat işi aparmış və onlardan 42 nəfəri elmi işlərini başa çatdırmışdılar.
ETM-əməkdaşlarından 1 nəfəri doktorluq, 5 nəfəri isə namizədlik dissertasiyasını başa vurmuşdur. Onlardan 4 nəfəri dissertasiya işini müdafiyəedərək fəlsəfə doktoru alimlik dərəcəsi almışlar.
2013 -2015-ci illərdə ETM əməkdaşları tərəfindən 150 elmi məqalə və tezislər, 1 metodik tövsiyyə çap olunmuşdur. 1 doktorluq və 1 namizədlik dissertasiyası müdafiə edilmişdir.
Əməkdaşların yazdığı tezislər Sank-Peterburqda, Moskvada, Münxendə, Viyanada, Lvovda, Dneppretrovskiy, Londonda keçirilən elmi konfranslarda dinlənilmiş, aşağıda adları çəkilən xarici jurnallarda nəşr edilmişdir.