İdarəetmənin nizamnamənin tələblərinə uyğunluğu

ATU-nun idarə olunmasında demokratikliyi və şəffaflllığı təmin etmək məqsədilə idarə və özünüidarə orqanları fəaliyyət göstərir. Həmin idarəetmə orqanları fəaliyyətlərini Azərbaycan Respublikasının Təhsil Qanununa, Ali təhsil müəssisələri haqqında Əsasnaməyə, Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin əmr və sərəncamlarına, Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin normativ-hüquqi aktlarına, universitetin Nizam¬naməsinə müvafiq olaraq həyata keçirilir Universitetin idarəetmə orqanları- Unniversitetin Elmi Şurası , Rektoryanı şura fəaliyyət göstərir
 Universitetin ali idarəetmə orqanı – Elmi Şuradır. Elmi Şura müvafiq Əsasnamənin tələblərinə uyğun olaraq   formalaşdırılmışdır. Elmi Şuranın üzvləri 5 il müddətinə seçilir.. 
Elmi Şura hər tədris ili üçün ATU-nun fəaliyyətini təsdiq edən iş planlarını müzakirə edərək təsdiq edir. 
Elmi Şuranın iclasları ayda bir dəfədən az olmayaraq keçirilir və iş planına uyğun məsələləri müzakirəyə çıxarır. 
Universitetin strukturu Elmi Şura tərəfindən müəyyənləşdirilir.
  Universitetə  Azərbaycan Respublikasının Prezidenti tərəfindən təyin edilən rektor rəhbərlik edir. Rektor Universitetin inzibati-fuksional idarəetmə  strukturunu və ştat cədvəlini təsdiq edir.
Universitetin Nizamnaməsinə müvafiq olaraq Universitetin prorektorları rektorun təqdimatı əsasında Səhiyyə Nazirliyi tərəfindən təyin olunur,  onlar arasında sahələr üzrə iş bölgüsü rektor tərəfindən müəyyən olunur. Rektorun əmrinə müvafiq olaraq tədris, tədris-metodiki və müalicə işləri ilə əlaqədar fəaliyyətin koordinasiyası tədris və müalicə işləri üzrə prorektor, elmi işlərin koordinasiyası elmi işlər üzrə prorektor, ümumi işlərin koordinasiyası ümumi işlər üzrə prorektor, xarici əlaqələrlə bağlı fəaliyyətin koordinasiyası isə beynəlxalq əlaqələr üzrə prorektor , inzibati-təşərrüfat işlərinə kooordinasiyası inzibati təsərrüfat işləri üzrə prorektor tərəfindən həyata keçirilir. İnzibati-təsərrüfat işləri üzrə prorektor inzibati-təsərrüfat işlərinin təşkilinə rəhbərlik edir. 
ATU-nun rektoryanı şurası rektordan, prorektorlardan, dekanlardan, şöbə müdirlərindən, klinika rəhbərlərindən ibarətdir. Rektoryanı şura universitet fəaliyyətinin bütün məsələlərinə baxır və operativ həlli üçün qərar qəbul edir. Rektoryanı şuranın iclaslarında tədris, elm, təlim-tərbiyə, sosial məsələlər, əmək intizamı, tələbələrin davamiyyəti, maddi-texniki baza və digər carı məsələlər müzakirə edilmiş, müvafiq qərarlar qəbul edilmişdir.   
Elmi Şura və Rektoryanı şura universitetin fəaliyyətinin idarə edilməsini tədris və təhsildə keyfiyyət təminatı şöbəsi, fakültələr, kafedra və digər struktur bölmələri ilə birlikdə əlaqəli şəkildə həyata keçirir.
Eyni zamanda Universitetdə tələbə dekanlığı fəaliyyət göstərir.Tələbə dekanlığı daimi fəaliyyət göstərən  ttələbələrin seçkili  özünüidarəetmə orqanıdır. Tələbə dekanlığı- təhsilalanların  universitetin təhsil fəaliyyətinin idarəedilməsində iştirakının bir  formasıdır.