Klinik farmakologiya kafedrası Tibb Universitetinin nisbətən cavan kafedrasıdır. Bu fənn üzrə məşğələlər 90-cı illərin əvvəllərində daxili xəstəliklər kafedralarında tədris edilirdi. 1992-ci ildə I daxili xəstəliklər kafedrasının nəzdində klinik farmakologiya kursu təşkil edilmişdir. 1993-cü ildə isə ATU-nun Elmi Şurası Klinik farmakologiya kursunun sərbəst kafedraya çevrilməsi haqqında qərar çıxarmışdır. Kafedranın müdiri prof. A.B.Baxşəliyev təyin olunmuş və o, 1993-cü ildən kafedraya rəhbərlik edir. 

Kafedra yarandığı vaxtdan M.Məlikov adına 6 saylı BŞKX-nın bazasında fəaliyyət göstərmiş, 2007-ci ildən isə C.M.Abdullayev adına ET Kardiologiya İnstitutunun nəzdində fəaliyyətini davam etdirmiş, 2011-ci ildən etibarən isə ATU TTK-da fəaliyyət göstərir. 1996-cı ildə M.Mirqasımov adına Respublika klinik xəstəxanasının bazasında kafedranın filialı yaradılmışdır. İlk illər ərzində kafedrada klinik farmakologiya fənni müalicə-profilaktika və pediatriya fakültəsinin tələbələrinə tədris edilirdi. 1995-ci ildə tibbi-biologiya və əczaçılıq fakültələrinin, 1997-ci ildə stomatologiya, 2004-cü ildən hərbi-tibbi fakültəsinin tələbələri tədrisə cəlb edilmişdir. 2014-2015- ci tədis ilindən isə farmakoterapiya seçim fənni kimi VI kurs  müalicə profilaktika fakultəsi tələbələri üçün tədris olunur.

Kafedranın fəaliyyətdə olduğu müddətdə burada 11 dən cox namizədlik , 1 doktorluq dissertasiyası işlənmiş, hazırda 1 doktorluq, 1 namizədlik dissertasiyası üzərində iş aparılır.     Kollektivdə 4 elmlər doktoru, 3 dosent, 7 assistent , 5 baş laborant çalışır. Kafedranın əməkdaşları son illərdə bir neçə tədris vəsaiti və dərsliklər yazıb çap etdirmişlər. Bunlara «Antiaritmik vasitələr, ürək qlikozidləri (A.B.Baxşəliyev, 1993), «Hipotenziv dərman maddələri» (A.B.Baxşəliyev, F.İ.İbrahimli və həmm., 1995), «Klinik farmakologiya» (A.B.Baxşəliyev 2004 və 2009) və Arterial Hipertenziya-müalicənin taktika və strategiyası (Quliyeva S.Ş.-2014)  ,Müxtəlif fizioloji vəziyətlərin və dövrlərin farmakoterapiyasının əsasları( Bəydəmirova Arzu Arif qızı, Baxşəliev Adil Baxşəli oğlu) s.  misal ola bilər.

Kafedranın müdiri prof. A.B.Baxşəliyev 1993-1998-ci illərdə Respublika Farmakoloji Komitəsinin sədri olmuşdur. Hazırda o C.M.Abdullayev adına ET Kardiologiya İnstitutunun direktoru, Azərbaycan Kardioloqlar Cəmiyyətinin təsisçisi üzvü, Dissertasiya üzrə ixtisaslaşmış şuranın üzvü,Azərbaycan prezidenti yanında Ali Attestasiya komissiyasının eksperti,  ATU-un elmi şuranın üzvüdur.

Klinik farmakologiya kafedrasında prof. A.B.Baxşəliyevin rəhbərliyi altında bir neçə elmi işlər yerinə yetirilmiş, onlara uyğun namizədlik və doktor dissertasiya işləri yekunlaşdırılmışdır. («Yeni dərman preparatlarının təyini əsasında hipertoniya xəstəliyi və ürəyin işemik xəstəliyinin müalicəsinin optimallaşdırılması (AÇFİ, AT-II blokatorları, β-AB)» , «Metabolik sindromun AH və ÜİX –in klinik gedişatı, təsadüf etmə tezliyi və müalicəsinin optimallaşdırılması»,” Ü.İ.X. zamanı xəstələdə rast gəlinən hormonal disbalansın xəstəliyinin kliniki gedişinə,rastgəlmə tezliyinə ,proqnozuna  və onun medikamentoz korreksiyasının optimallaşdırılması “).2016-2020-ci il üçün  ”Kardiovaskulyar sistemin xəstəliklərində endotelial disfuksiya zamanı miokardın və magistal damarların morfofunksional dəyişikliklərinin və hipoksemik vəziyətlər zamanı  iltihab göstəricilərinin diaqnostik və müalicə prospektivlərinin öyrənilməsi” mövzusunda elmi işi planlaşdırılmış və təsdiqlənmişdir .