Allerqologiya və İmmunologiya kursu 1980-ci ildə professor Kats Pyotr Davıdoviçin (1928-1991) təşəbbüsü ilə yaranmışdı. Professor Kats P.D. Azərbaycan allerqoloqlar və immunoloqlar cəmiyyətinin banisi və ilk sədri (1967), 6 sayli uşaq xəstəxanasının bazasında yerləşən ilk allerqoloji kabinetin qurucusu, Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin Baş allerqoloqu (1974-1989) olmuş. Professor Kats P.D 126 elmi əsərin, o cümlədən 2 monoqrafiyanın, 3 doktorluq və 15 namizədlik dissertasiyanın elmi rəhbəri olmuş, ölkənin tanınmış allerqoloqlarından prof. Əyyubova A.A.,prof. Allahverdiyeva L.İ., prof. Məmmədov J.T., prof. Hacıyev K.M. kimi alimləri yetişdirmişdir.

Allerqologiya və immunologiya kafedrasının immunoloji bölümünün əsası 2003-cü ildə Avropa birliyinin TEMPUS proqramı çərçivəsində  qoyulmuşdur və bu proqram 2010 -2013-cü illərdə yenilənmişdir. 2003-cü ildən başlayaraq hal-hazıra kimi kafedra University College London, Westminster University, Universite de Bretagne Occidentale elmi tədqiqat mərkəzləri ilə birgə əməkdaşlıq edir. 2003-2005-ci illər ərzində yuxarıda adları çəkilən elmi-tədqiqat mərkəzlərində universitetimizin 6 tələbəsi ezamiyyətdə olmuşlar. 2005-ci ildən İmmunologiya fənni tədris olunur, 2009-cu ildən allerqologiya fənni tədris olunur.

2017-ci ilin sentyabr ayında Allerqologiya və İmmunologiya kafedrası yaradılmışdır.