Ümumi cərrahlıq və anesteziologiya kafedrasının əsası 1920-ci ildə qoyulmuşdur. Kafedranın təşkilatçısı və ilk rəhbəri hələ Bakı Universitetinin yaradıldığı vaxtdan xeyli əvvəl Bakıya köçmüş, Qara Şəhər xəstəxanasının həkim-cərrahı, tibb doktoru  B.K.Finkelşteyn olmuşdur.

O vaxt Bakı Universitetində I kursdan başqa, II və III kurslara da tələbə qəbul edildiynə görə, Universitetdə eyni vaxtda həm ümumi cərrahlıqdan, həm də hospital cərrahlığından dərs deyən həkim-pedaqoqlara ehtiyac var idi (yuxarı kurslara tələbələr Zaqafqaziya Universitetinin Bakıda oxumaq arzusunda olan tələbələri arasından qəbul edilmişdi). İxtisaslı mütəxəssislər az olduğuna görə, B.K.Finkelşteyn ümumi cərrahlıq kafedrasına rəhbərlik etməklə bərabər, 1921-ci ilin payızında hospital cərrahlığı kafedrasına müdir seçildi. Bu dövrdə III kurs tələbələrinə ümumi cərrahlıq və V kurs tələbələrinə hospital cərrahlığı fənləri kiçik bir xəstəxana şöbəsində keçirildi. 1922-ci ilin payızında hospital cərrahlığı kafedrası N.A.Semaşko adına xəstəxananın 8-ci korpusuna köçürüldü. Bundan sonrakı bir neçə il ərzində (1922-1926-cı illər) o vaxtlar cərrahi propedevtika adlanan ümumi cərrahlıq öz fəaliyyətini dayandırdı. Lakin bu dövrdə ümumi cərrahlıq fənni mühazirələr hospital cərrahlığı kafedrasında oxunurdu. 1926-cı ildə ümumi cərrahlıq kafedrasının fəaliyyəti bərpa edildi və kafedranın rəhbərliyi o vaxta qədər topoqrafik anatomiya və operativ cərrahlıq kafedrasının müdiri vəzifəsində işləyən A.İ.Okinşeviçə həvalə edildi.

A.İ.Okinşeviç (1868-1938) – 1904-cü ildən Sabunçu xəstəxanasının cərrahlıq şöbəsinin müdiri vəzifəsində işləmişdir. O, qara ciyərin dizenteriya mənşəli absesinin cərrahi müalicəsi ilə məşğul olmuş və bu problemə dair monoqrafiya yazaraq, 1910-cu ildə çap edilmişdir. Bu monoqrafiyaya görə A.İ.Okinşeviçə 1922-ci ildə tibb elmləri doktoru alimlik dərəcəsi verilmiş və həmin il onun professor eimi adı təsdiq edilmişdir. 1926-cı ildə müsabiqə yolu ilə operativ cərrahlıq kafedrasına müdir seçilən A.İ.Okinşeviç az müddət ərzində qüdrətli bir kollektiv yaratdı. Azərbaycanın cərrahlıq elminin bir çox nüfuzlu nümayəndələri (Z.M.Məmmədov, F.Ə.Əfəndiyev, G.R.Qurbanov, A.Sultanov və b.) A.İ.Okinşeviçin şagirdləri olmuşlar. O, elmi işlərin əksəriyyətini qalxanabənzər vəzinin cərrahlığı məsələlərinə həsr etmişdir. 1932-ci ildə ona Əmək Qəhrəmanı, 1936-cı ildə əməkdar elm xadimi fəxri adı verilmişdir.1938-ci ildə A.İ.Okinşeviç vərat etmişdir.

1938-ci ildə kafedra müdiri vəzifəsinə sonralar Azərb.EA-nın akademiki olmuşdur, 1942-1946-cı illərdə ATİ-nin rektoru vəzifəsində işləmiş əməkdar elm xadimi, prof. Z.M.Məmmədov (1903-1971) təyin edildi. Bu kafedraya 1971-ci ilə qədər rəhbərlik edən prof. Z.M.Məmmədov Azərbaycanda cərrahlığın inkişafında müstəsna dərəcədə böyük rolu olan alimlərimizdən biridir. Z.M.Məmmədov Azərbaycanda cərrahi endokrinologiyanın əsasını qoymuşdur. Onun rəhbərlik etdiyi dövrdə elmi-tədqiqatların əsasını endokrin sistem xəstəliklərinin cərrahi müalicəsi təşkil edirdi. Bundan əlavə, Z.M.Məmmədov və onun rəhbərlik etdiyi kollektiv ümumi cərrahlığın digər problemlərinə aid eimi-tədqiqat işləri aparmışdır. Bu tədqiqatların nəticələri Z.M.Məmmədovun  “Azərbaycan SSR-in Balakən,  Zaqatala və Nuxa rayonlarında endemik ur xəstəliyi”  (1939), “Cərrahlıqda Naftalanın tətbiqi” (1952), Yırtıq zamanı qasıq kanalının çağlanması üsullarına dair” (1964) adlı monoqrafiyalarında və çoxsaylı elmi məqalələrində əks edilmişdir. Z.M.Məmmıdov Azərbaycan dilində yazılmış “Operativ cərrahlıq” (1961) və “Ümumi cərrahlıq” (1969) dərsliklərinin müəllifidir. Onun rəhbərliyi ilə 5 elmlər doktoru, 18 elmlər namizədi hazırlanmışdır.

1971-ci ildə kafedraya qısa müddət ərzində Z.M.Məmmədovun tələbəsi – prof. Qəşəm Həşim oğlu Məmmədzadə (1903-1971) rəhbərlik etmişdir.

1973-cü ildən 1989-cu ilə qədər ümumi cərrahlıq kafedrasına respublikanın əməkdar həkimi, prof. Bəybala Xutkar oğlu Abasov rəhbərlik etmişdir.

Prof. B.X.Abasov (1923-2012) – 1949-cu ildə ATİ-nin müalicə profilaktika fakültəsini bitirmişdir;  1960-cı ildə müdafiə etdiyi namizədlik dissertasiyası ümumi və daxili yuxu arteriyalarının zədələnmələrinin autoplastikasına həsr edilmişdir; 1968-ci ildə isə qarın aortasının rezeksiya və plastikası problemlərinə dair doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. B.X.Abasovun təklif etdiyi damar plastikası üsulları Çexoslovakiya, Albaniya, Macarıstan və digər xarici ölkə cərrahlarının böyük marağına səbəb olmuşdur.

Prof. B.X.Abasov kafedraya rəhbərlik etdiyi dövrdə ümumi cərrahlıq üzrə tədris proqramını zənginləşdirmiş, praktik məşğələlərin vı mühazirələrin səviyyəsinin yüksəldilməsinə nail olmuşdur. Onun kafedra müdiri olduğu dövrdə kollektivin elmi-tədqiqatlarının əsas istiqamətləri qarın boşluğu orqanlarının kıskin cərrahi xəstəliklərinin müalicə üsillarının tədqiqinə, qalxanabənzər vəzi və damar cərrahlığı problemlərinə həsr edilmişdir. Prof. B.X Abasov çoxsaylı elmi məqalələrin müəllifi olmaqla yanaşı, cərrahlıq üzrə elmi-pedaqoji kadrlar hazirlanmasında da böyük xidmət ğöstərmişdir. O, iki dəfə (1987 və 1997-ci illərdə) çap edilmiş “Ümumi cərrahlıq” dərsliyinin, “Eksperimental və klinik şəraitdə qarın aortasının plastikası zamanı hemodinamika problemi” (1976) monoqrafiyasının, 20 səmərələşdirici təklifin, 2 metodik tövsiyyənin, 150-dən artıq elmi məqalənin müəllifidir.

1981-ci ildə tibb institutunda ikinci ümumi cərrahlıq kafedrası təşkil edilmiş və bu kafedraya M.A.Topçubaşov ad. Klinik və Eksperimental Cərrahlıq İnstitutunun binasında klinik baza ayrılmışdı. Yarandığı gündən bu kafedraya, prof. N.M.Rzayev rəhbərlik etmişdir. Kafedra 1991-ci ildə sərbəst fəaliyyətini dayandırmış, institutda ümumi cərrahlıq fənni yenidən yalnız bir kafedrada tədris edilmişdir. Həmin kafedrada cərrahi müdaxilələrdən sonra baş verən tromboembolik ağırlaşmaların müalicəsi problemləri üzrə eimi araşdırmalar aparılmış, az müddət ərzində 4  namizədlik dissertasiyası müdafiə edilmiş, 3 ixtiraya müəlliflik şəhadətnaməsi alınmış, cərrahlıq prakrikasında pankreatoduodenal zonanın patologiyası zamanı qaraciyərin rezeksiyası metodu tətbiq edilmişdir. Kafedranın fəaliyyətdə olduğu dövrdə əməkdaşların 120-dən artıq elmi işi, o cümlədən “Qan damarlarının cərrahi xəstəlikəri” (N.M.Rzayev və b.) adlı monoqrafiyası çap edilmişdir.

1989-cu ilin iyun ayından Ümumi cərrahiyyə kafedrasına müdiri vəzifəsinə professor B.M.Aşurov seçilmişdir.

Bəhram Məhəmmədrəsul oğlu Aşurov – 1 iyul 1943-cü ildə Qax rayonunda anadan olmuşdur. 1950-1960-cı illərdə Qax rayonunda orta təhsil almış və məktəbi gümüş medalla bitirmişdir. O, 1960-cı ildə N.Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun müalicə-profilaktika fakültəsinə daxil olmuş və 1966-cı ildə institutu fərqlənmə diplomu ilə bitirmişdir. 1964-1966-cı illərdə tələbə ikən Semaşko adına şəhər xəstəxanasının cərrahiyyə şöbəsində tibb qardaşı kimi işə başlamışdı. İnstitutu bitirdikdən sonra 1966-1967-ci illərdə Mingəçevir şəhər xəstəxanasında cərrah işləmişdir.

1967-1969-cu illərdə Elmi Tədqiqat Kliniki və Eksperimental Təbabət İnstitutunun kardiologiya şöbəsində 2 illik kliniki ordinatura keçmişdir. Ordinaturada oxuduğu illərdə Bəhram Aşurov görkəmli kardioloq, professor Cahangir Abdullayevin rəhbərliyi altında “Qaraciyərin sirrozlarında elektrolit mübadiləsinin vəziyyəti” mövzusunda namizədlik dissertasiyasını tamamlamış və 1970-ci ildə müdafiə etmişdir.

O, kiçik elmi işçi vəzifəsində institutda saxlanmış və 1970-1972-ci ildə institutun elmi katibi vəzifəsində işləmiş, 1972-1973-cü illərdə institutun pulmonologiya laboratoriyasına baş elmi işçi seçilmişdir. 1973-cü ildə isə respublikada yeni təşkil edilmiş damar cərrahiyyəsi şöbəsinə baş elmi işçi vəzifəsinə keçirilmişdir. O vaxt respublikada inkişafda olan damar cərrahlığının əsaslarını öyrənmək məqsədi ilə 1 il ərzində (1973-1974-cü illərdə) A.N.Bakulev adına Ümumittifaq Elmi Tədqiqat Ürək-Damar Cərrahlığı İnstitutunda təcrübə mübadiləsində olmuşdur. B.M.Aşurov instituta qayıtdıqdan sonra respublikada təcili və planlı damar cərrahiyyəsinin təşkilində bilavasitə iştirak etmiş, aortanın distal hissəsində, aşağı ətrafların arterial damarların xroniki obliterasiya edici xəstəliklərinin cərrahı müalicə üsulları ilə məşğul olmağı başlamışdır.

Azərbaycan Respublikasının səhiyyə nazirliyinin göndərişi ilə Bəhrəm Aşurov, 1979-1984-cü   illərdə   Moskvada   A.N.Bakulev   adına   Elmi   Tədqiqat  Ürək-Damar Cərrahlığı İnstitutunda elmi ezamiyyətdə olmuş və professor A.V.Pokrovskinin rəhbərliyi altında “Qarın aortasının rekonstruktiv bərpa cərrahlığında təhlükə amilləri, fəsadlar və onların profilaktikası” mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. O, Moskvadan qayıtdıqdan sonra ETKETİ damar cərrahlığı şöbəsində elmi təcrübi fəaliyyətini davam etdirmişdir.

B.M.Aşurov 1985-ci ildə N.Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun ümumi cərrahlıq kafedrasına müsabiqə əsasında dosent vəzifəsinə seçilmişdir. 1986-1987-ci illərdə Bakı şəhər Baş Tibb idarəsinin baş cərrahı vəzifəsində çalışmışdır. Şəhər klinikalarında təcrübi cərrahlığın elmi əsaslar üzərində qurulması üçün xeyli səylər göstərmişdir.

1991-ci ilin fevral ayında prifessor B.M.Aşurov ATU-nun I prorektoru vəzifəsinə təyin edilir.1992-ci ilin oktyabrında I-ci prorektor vəzifəsi ixtisar edildikdən sonra B.M.Aşurov 1994-cü ilin iyul ayına qədər ümumi cərrahiyyə kafedrasına rəhbərlik etmişdir. 24 iyul 1994-cü ildə professor B.M.Aşurov ömürünün çiçəklənən vaxtında vaxtsız vəfat etmişdir.

Prof.B.M.Aşurov Azərbaycan cərrahlıq sənətinin ən görkəmli nümayəndələrindən və respublikamızda damar cərrahiyyəsinin əsasını qoyanlardan biri olmuşdur. O cərrahiyyədə az invazivlik və anatomiklik prinsiplərini hər zaman gözləyən və tələbələrinə bu prinsiplərə əməl etməyi tövsiyyə edən nadir cərrahlardan olmuşdur. Ümumi cərrahlıq kafedrasına müdür təyin olunduğu gündən orada cərrahiyyənin inkişafına güclü təkan vermişdir. Klinikada antiseptika və aseptika sahəsində bir sıra köklü dəyişikliklər etmiş, ilk dəfə olaraq elektrokoaqulyatoru klinikada tətbiq etmişdir.

Prof.B.M.Aşurov Ümumi cərrahlıq fənninin tədris planını xeyli təkmilləşdirmiş və tədrisin keyfiyyətini yüksəltməyə nail olmuşdur. O, elmi kadrların yetişməsinə xüsusi fikir vermiş və qısa müddət ərzində onlarla alimin yetişməsində misilsiz xidmətləri olmuşdur. Təəssüf ki 24 iyul 1994-cü ildə professor B.M.Aşurov ömürünün çiçəklənən vaxtında vaxtsız vəfat etmişdir. Onun əziz xatirəsi tələbələrinin və yetirmələrinin qəlbində daima yaşayacaqdır.

1994-cü ildə Ümumi cərrahlıq kafedrasına müdürlik vəzifəsinin icrası müvəqqəti olaraq prof.E.Ə.Quliyevə həvalə olunur. Eldəniz Əli oğlu Quliyev – 1957-ci ildə Şəmkir rayonunda anadan olmuşdur. 1969-cu ildə Bakı şəhər 1 saylı məktəbi bitirib həmin ildə də N.Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun müalicə-profilaktika fakültəsinə daxil olub. 1975-ci ildə institutu fərqlənmə diplomu ilə bitirmişdir. 1975-1976-cı illərdə cərrahlıq üzrə internatura keçmişdir. 1976-1979-cu illərdə Gəncə şəhərində onkoloq işləmişdir.

1979-1981-ci illərdə Elmi Tədqiqat Kliniki və Eksperimental Təbabət institutuna anesteziologiya şöbəsinə kiçik elmi işçi vəzifəsinə seçilmişdir.

1981-1984-cü ildə SSRİ tibb elmlər akademiyasının A.İ.Bakulev adına ürək-damar cərrahlığı institutunda aspiranturada oxumuş və “Süni qan dövranı və hipotermiya şəraitində aparılan cərrahi əməliyyatlarda termorequlyasiya məsələləri” mövzusunda namizədlik dissertasiyası, 1990-ci ildə “Aorta-koronar şuntlama zamanı yeni orjinal ağrısızlaşdırma üsullarının tətbiqi və homeostazın bərpası məsələləri”movzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir.

1984-1985-ci illər ETKET institutunda həkim-anestezoloq işləmişdir.

1985-1989-cu illərdə N.Nərimanov adına ATİ-nun anesteziologiya və reanimatologiya kafedrasının assistenti olmuşdur.

1989-1991-ci illərdə ümumi cərrahlıq kafedrasının assistenti, 1991-2000 illərdə professoru vəzifəsində çalışmışdır. Professor E.Ə.Quliyev 2011-ci ildə vəfat etmişdir.  

1995-ci ildə Ümumi cərrahlıq və anesteziologiya kafedrasının müdiri vəzifəsinə müsabiqə yolu ilə prof.Ç.M.Cəfərov seçilmişdir.

Ç.M.Cəfərov 1942-ci ildə Naxçıvan Muxtar Respublikasının Şərur rayonunun Dəmirçi kəndində anadan olmuşdur. 1965-ci ildə N.Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitunu əla qiymətlərlə bitirmiş və Səhiyyə Nazirliyinin göndərişi ilə 4 saylı şəhər vərəm xəstəxanasına cərrah-ftiziatr vəzifəsində işləmiş və 1967-ci ildən Kliniki və Eksperimental Təbabət Elmi-tədqiqat İnstitunun (KETETİ) əməkdaşı olmuşdur.

1971-1973-cü illərdə Leninqrad şəhərində Ümumittifaq Elmi-tədqiqat Pulmanologiya İnstitutunda təcrubə keçmək məqsədilə işə başlayır. Burada köks cərrahiyyəsi ixtisası üzrə mükəmməl praktik fəaliyyətlə yanaşı, həm də  elmi-tədqiqat işləri ilə məşğul olur və 1973-cü ildə SSRİ TEA-nın akademiki F.Q.Uqlovun rəhbərliyi altında “Xroniki qeyri-spesifik pnevmoniyanın cərrahi müalicəsinə göstərişlər” mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə edir. 1982-ci ildə o İ.M.Seçenov adına I MTİ-yə doktoranturaya göndərilir və 1987-ci ildə akademik M.İ.Perelmanın rəhbərliyi altında “Traxeyanın və onun bifurkasiyasının rezeksiyası və protezlənməsi” mövzusunda doktorluq dissertasiyasını müdafiə edir. Ç.M.Cəfərov tərəfindən ilk dəfə eksperimentdə tənəffüs yollarının yeni silikon-lavsan protezlənməsi, sol ağ ciyər arteriyasına giriş məqsədilə sağtərəfli arxa transperikardeal kəsiyin tətbiqi, traxeya və bronxların rezeksiyası zamanı mənfəzlərin uyğunsuzluğunun adaptasiyası metodlarını işləyib hazırlanılmışdır. Beynəlxalq səviyyədə tanınan və bəyənilən bu metodlar sonradan klinikada istifadə olunmağa təklif olunmuşdur.

1988-ci ildə o, yenidən EKTETİ-yə qayıdır və Moskvada əldə etdiyi elmi-praktik nailiyyətlərlə ağır xəstələrin müalicəsinə başlayır. Cərrahi xəstələrin müalicəsində əldə etdiyi nailiyyətlərə görə 1988-1994-cü illərdə Bakı şəhəri Səhiyyə idarəsinin, sonradan isə respublika səhiyyə nazirliyinin baş cərrahı olur. 1995-ci ildə Çərkəz Cəfərov EKTETİ-nin köks cərrahiyyəsi şöbəsinin müdiri təyin olunur.  

Onun tərəfindən qida borusunun şişləri, çapıq daralmaları, kardiyanın axalazıyası, traxeya və bronxların stenozları, timusun törəmələri ilə olan xəstələrin müalıcəsində yeni effektiv cərrahi müdaxilələr təklif olunmuş və böyük nəticələr əldə edilmişdir. Ağ ciyərlərin xroniki irinli, parazitar, şiş mənşəli xəstəliklərinin və köks qəfəsi zədələnmələrinin cərrahi müalicəsi prof. Ç,M.Cəfərovun əməyi sayəsində rutin əməliyyatlar siyahisına daxil edildı, nevropatoloqlarla birgə miastenik sindromun cərrahi müalicəsi təşkil edildi.

20 yanvar 1990-cı ildə, Qarabag müharıbəsində istər ön, istərsə də arxa cəbhədə yüzlərlə agır yaralıya professional yardım göstərmiş, minlərlə mülki səxsə əmək cəbhəsinə, yüzlərlə yarali əsgərləri sagaldaraq ön cəbhəyə qaytarmışdır. Bu illərdə Cərkəz müəllim fədakar əcgər və həkim kimi xalqı qarşısında vətəndaşlıq borcunu ləyaqətlə yerinə yetirmişdir.

Prof.Ç.M.Cəfərov 2017-ci ilədək Ümumi cərrahiyyə və anesteziologiya kafedrasının müdiri vəzifəsində işləyir. İşlədiyi bu illər ərzində onun pedaqoji sahədə də təşkilatçılıq bacarığı məlum olur. Ümumi cərrahiyyənin tədris proqramı təzələnərək yenidən işlənir. Gənc cərrahların sərbəst cərrahi fəaliyyəti üçün şərait yaranır, intern həkimlərin, kliniki ordinatorların, aspirantların, rezidentlərin daha mükəmməl hazirlanması mərhələsinə keçilir. Onun rəhbərliyi altında 8 doktorluq və 15 namizədlik dissertasiyası müdafiə olunmuşdur. Azərbaycan dilində 3 monoqrafiya,“Ümumi cərrahlıq” və “Kliniki və eksperimental cərrahlıq” kimi dərsliklər çap olunmuş, 6 patent və səmərəliləşdirici təklif şəhadətnaməsi alınmış və 300-ə qədər elmi əsər çap olunmuçdur. 

Prof. Ç.M.Cəfərov bir sıra beynəlxalq elmi konqreslərin, qurultayların və konfransların aktiv iştirakçısı olmuşdur (ABŞ, Rusiya, Türkiyə, İran, Özbəkistan, Gürcüstan və s.). Onun bu mötəbər yığıncaqlarda çıxışları Azərbaycan tibb elminə rəğbət gətirmişdir. O Azərbaycanın əməkdar həkimidir, 2010-cu ildə “Tərəqqi” ordeni ilə təitif olunub, “SSRİ ixtiraçısı” döş nişanı və “Əmək Fədakarlıgı” medalına layiq görünüb.

2017-ci ildə Ümumi cərrahiyyə və anesteziologiya kafedrasının müdiri vəzifəsinə müsabiqə yolu ilə həmən kafedranın professoru Elçin Kamil oğlu Ağayev seçilir.

Ağayev Elçin Kamil oğlu 20 oktyabr 1962-ci ildə Saatli rayonu Mollavaizli kəndində anadan olmuşdur. 1980-ci ildə Saatlı rayon S.Vurgun adına orta məktəbi fərqlənmə attestatı ilə bitirmiş və həmən ili N.Nərimanov adına ATİ-nin müalicə-profilaktika fakultəsinə daxil olmuş və 1986-cı ildə oranı ditirmişdir. 1986-87-ci illər ərzində M.Nağıyev adina KTTYX-da cərrahlıq ixtisası üzrə 1 illik internatura kursu keçmişdir. 1987-90-cı illərdə təyinat üzrə Saatlı RMX-da cərrah vəzifəsində çalışmışdır. 1990-cı ildə N.Nərimanov adına ATİ-nin Ümumi cərrahiyyə və anesteziologiya kafedrasına əyani aspiranturaya qəbul olunmuş və 1993-cü ildə aspiranturanı müvəffəqiyyətlə bitirərək prof.B.M.Aşurovun rəhbərliyi ilə “Hemodinamikanın və homeostazın müxtəlif vəziyyətlərində bağırsaq anastomozlarının bitişməsi” mövzusunda namizədlik dissertasiyasını müdafiə etmişdir. 1994-cü ildə N.Nərimanov adına ATİ-nin Ümumi Cərrahlıq kafedrasına assistent vəzifəsinə təyin olunmuş, 1997-ci ildə  kafedranın assistenti seçilmişdir. 2011-ci ildə bu kafedraya dosent vəzifəsinə təyin edilmiş, 2012-ci ildə isə müsabiqə yolu ilə bu vəzifəyə seçilmişdir. 2014-cü ildə “Bağırsaqların təcili və təxirəsalınmaz rezeksiyasından sonrakı erkən nəticələrin yaxşılaşdırılması yolları” mövzusunda doktorluq dissertasiyasını müdafiə etmişdir. Çap olunmuş 100-ə yaxın məqalə və tezisin, 2 dərs vəsaitinin, 2 ixtiranın, 2 metodiki vəsaitin müəllifidir.

2015-ci ildə ATU-nun Elmi Şurasının qərarı ilə Ümumi cərrahlıq və anesteziologiya kafedrasının professoru vəzifəsinə seçilmişdir. 2017-ci ildə müsabiqə yolu ilə ATU-nun Ümumi cərrahiyyə və anesteziologiya kafedrasının müdiri vəzifəsinə seçilmişdir.

Prof. E.K.Ağayev respublikamızın tanınmış cərrahlarındandır. O tələbəlik illərindən elmi və praktik cərrahiyyəyə çox böyük həvəs göstərmişdir. Hələ tələbəlik illərindən prof.B.X.Abasovun rəhbərliyi ilə daxili yuxu arteriyasının və bud arteriyasının autoarterial plastikasına dair yeniliklərin müəllifi olmuş və təklif etdiyi autoarterial plastika üsulunun mümkünlüyünü eksperimental olaraq sübuta yetirmişdir. İki dəfə tələbə elmi cəmiyyətlərinin ümumrespublika konfransının qalibi olaraq medalla təltif olunmuş və dəfələrlə ümumittifaq tələbə elmi konfranslarının I və II dərəcəli doplamları ilə təltif olunmuşdur. O uzun illər boyu M.Nağıyev adına KTTYX-da planlı, təcili və təxirəsalınmaz cərrahiyyə sahəsində aktiv fəaliyyət göstərmişdir.

Prof.E.K.Ağayevin kliniki fəaliyyəti əsasən ümumi cərrahiyyə sahəsində olmuşdur. Lakin onun əsas kliniki fəaliyyət sahələri qarın boşluğu orqanlarında aparılan planlı və təcili cərrahi əməliyyatları əhatə edir. Mədə-bağırsaq traktı orqanlarında aparılan cərrahi müdaxilələrə dair iki ixtiranın müəllifidir. Hal-hazırda o az invaziv əməliyyatların, xüsusən də Laparoskopik əməliyyatların aktiv icracılarından biridir. Onun tərəfindən icra olunan cərrahi əməliyyatların çeşidi zəngindir. Bunlardan mədə, qaraciyər-öd yolları, nazik və yoğun bağırsaqlar, ginekoloji orqanlar, periferik damarlar və s. üzərində aparılan mürəkkəb rekonstruktiv əməliyyatları qeyd etmək olar. Respublikamızda Laparoskopik kolektomiya əməliyyatını uğurla həyata keçirən ilk cərrahlarımızdandır.

ATU-nun TCK-nın fəaliyyətə başladığı ilk gündən prof.E.K.Ağayev fəaliyyətini tam olaraq bu klinika ilə bağlamışdır. Burada müasir cərrahiyyənin inkişafı üçün yaradılan optimal şərait onun da kliniki fəaliyyətinin geniş qol-qanad açmasına səbəb olmuşdur. O klinikanın ən aktiv və məhsuldar cərrahlarından biridir və son 3 ildə onun tərəfindən TCK-da 1000-ə qədər mürəkkəb rekonstruktiv cərrahi müdaxilə icra edilmişdir. Respublikamızın bir sıra klinikalarında əməliyyat olunaraq ağırlaşmış 50-dən artıq xəstə onun tərəfindən TCK-ya köçürülmüş və burada təkrari əməliyyat olunaraq həyata qaytarılmışdır.