1968-ci ildə II Hospital cərrahlıq kafedrası kimi yaranmışdır. Kafedranın ilk müdiri və təşkilatçısı Respublikanın görkəmli alimi və cərrahı, uzun illər Azərbaycan Həkimləri təkmilləşdirmə İnstitutunda cərrahlıq kafedrasına rəhbərlik etmiş ə.e.x Hüseyn Kərim oğlu Əliyev seçildi. Kafedra o vaxt yeni istifadəyə verilmiş 5N-li xəstəxananın cərrahi şöbələrində yerləşdirildi. İndi də bu xəstəxana kafedranın klinik bazalarından biridir. H.K.Əliyev 1927-ci ildə Peterburqda Hərbi Tibbi akademiyanı bitirmişdi. Respublikanın görkəmli ziyalılarından biri idi. Hərbi Tibbi akademiyada tələbəsi olduğu C.P.Fyodrov məktəbinin ənənələrinə sadiq qalaraq kafedranın əməkdaşlarına məsuliyyətlə, tədris, müalicə və elmi işləri ümumiləşdirməyi bacarmaq qabiliyyəti təlqin edirdi və buna nail olurdu. O vaxt kafedranın əməkdaşlarının bir qrupu I hospital cərrahlığı kafedrasından, digərləri H.K.Əliyevin rəhbərlik etdiyi təkmilləşdirmə İnstitutunun Cərrahlıq kafedrasından, bir neçəsi müsabiqə yolu ilə qəbul olunmuşdu. Elə həmin ildə kafedraya elan olunmuş vakant professor vəzifəsinə cavan elmlər doktoru B.A.Ağayev seçildi və prof. H.K.Əliyevlə birlikdə qısa müddətdə kafedranı Tibb Universitetinin öncül kafedralar sırasına çıxardılar. H.K.Əliyev kafedraya ömrünün sonuna(1972) qədər rəhbərlik etdi. 1972-ci ildə kafedra müdiri vəzifəsinə prof. B.A.Ağayev seçildi və ömrünün sonuna qədər 46 il müddətində kafedraya rəhbərlik etdi. B.A.Ağayevin rəhbərliyi dövründə kafedranın kadr potensialı gücləndirildi, elmi nailiyyətləri sürətlə inkişaf etməyə başladı. Moskvada ümumittifaq cərrahlıq mərkəzi (direktori akad. B.V. Petrovski), 2-ci Moskva Tibb İnstitutunun ümumi cərrahiyə(müdir prof.V.M.Buyanov) və Hospital cərrahiyə ( müdiri prof V.M.Mayat) kafedraları ilə elmi praktik əlaqələr yaradıldı. Kafedranın elmi istiqamətində əsasən qara ciyər, öd. yolları mədəaltı vəzinin cərrahi xəstəlikləri, kəskin peritonit və kəskin bağırsaq keçməməzliyi, qastroduodenal xoraların ağırlaşmaları əsaslı yer tuturdu. Bu mövzulara həsr olunmuş çoxsaylı məqalələrin nəticələri sonralar kafedra əməkdaşlarının uğurla nəticələnən dissertasiya mövzularında öz təsdiqini tapdı. 1982-ci ildə yeni tədris proqramına uyğun olaraq kafedra II cərrahi xəstəliklər kafedrası adlandırıldı. Kafedranın müdiri B.A.Ağayev yenilikçi cərrah idi. Ona görə də Respublika səhiyyəsində tətbiq olunan bir çox ilk dəfə sözü II cərrahi

xəstəliklər kafedrasının adı ilə bağlıdır. Bunlara əyani misal olaraq müasir lifli, endoskopların ilk istifadəsi 1973-cü ildən, xoralarda vaqotomiya əməliyyatının ilk tətbiqi 1975-ci ildən, öd yollarında ardıcıl olaraq təkrari bərpaedici və rekonstruktiv əməliyyatların tətbiqi 1980-ci illərdən, intraoperasion rentgen televiziya üsulu ilə xolongioskopiyanın tətbiqi 1981-ci ildən, ultrasonoqrafiya müayinə üsulunun 1984-cu ildən başlayıb. 1981-ci ildə B.A.Ağayevin rəhbərliyi ilə kafedranın nəzdində Respublikanın qaraciyər öd yolları və mədəaltı vəzi cərrahlıq mərkəzi yaradıldı. Bu mərkəzin yaradılmasında və inkişaf etməsində kafedranın əməkdaşlarından S.İ.Hadıyevin, M.Ə.Şükürovun, R.M.Məmmədovun, A.O.Səfərovun əhəmiyyətli rolu olmuşdur.

Bu mərkəz yaradıldıqdan sonra ilk olaraq xoledoxun çapıq daralmalarında transhepatik drenajlar üzərində biliodigestiv anastonozların qoyulması, nəticələrinə görə ümumittifaq səviyyəsindən geri qalmırdı. Xoledoxun distal çapıqlaşmalarında`, trans duodenal papillasfinktertomiya və sfinkteroplastika əməliyyatları uğurla icra olunmağa başlandı. Bu tədqiqatların nəticələri “Cərrahlıq” (Moskva), “Klinik cərrahlıq” (Kiyev) jurnallarında, keçmiş SSRİ-nin bir neçə cərrahlıq qurultaylarının və simpoziumun materiallarında, “Azərbaycan Tibb” jurnalında dərc edilirdi. Həmin illərdə respublikada ilk olaraq II cərrahi xəstəliklər kafedrasında pankreatoduodenal rezeksiya əməliyyatı (prof. Hadıyev S tərəfindən) yaxşı nəticə ilə icra edildi. Bunlarla yanaşı 1981-ci ildən OKA-3 Barokamerasında peritonitlərdə və poliorgan çatmamazlığı sindromunda hiperbarik oksigenasiyanın tətbiqi həyat üçün vacib orqanların fəaliyyətinin bərpasında əsaslı rol oynadı, həmçinin ekstrakorporal detoksikasiya metodlarından hemosorbsiyanın aparılması bir çox ümidsiz xəstələrin sağalması ilə nəticələndi.

Bütün bu işlərin nəticəsi olaraq B.A.Ağayev 1980-cı ildə Azərbaycan Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü, 1990-cı ildə həqiqi üzvü seçildi. Akademik B.A.Ağayev daimi olaraq tədrisə çox ciddi yanaşırdı və əməkdaşlarından bunu çox ciddi tələb edirdi.

Akad. B.A.Ağayev tələbələrin dərs vəsaiti ilə təmin olunması üçün klinik cərrahlıqdan mühazirələr adlı iki cildlik dərslik, 1980, 1982 sonra 1990-cı ildə

“cərrahi xəstəliklər" adlı dərslik yazıb çap etdirdi. Cərrahi xəstəliklər sonralar 2003-cü ildə və 2007-ci illərdə əlavələrlə və yeniliklərlə təkrar nəşr olundu. Bunlarla birlikdə 1979-cu ildə S.İ.Hadıyevlə birgə "Bəzi cərrahi, xəstəliklərdə kinin sisteminin vəziyyəti" adlı monoqrafiya, 1993-cü ildə M.Ə.Şükürovla birgə "Cərrahlıqda deontologiya" adlı monoqrafiyada çap olunmuşdur. 1999-cı ildə Akad. B.A.Ağayevin M.A.Topçubaşov adına cərrahlıq İnstitutuna direktor təyin olunması ilə əlaqədar kafedranın ixtiyarında II klinik bazanın olması imkanı yarandı. 2012-ci ildə TCK istifadəyə verildikdən sonra kafedra 3 klinik bazada yerləşir.

Prof H.K.Əliyevin vaxtından kafedraya gəlmiş dos.S.R.Quliyev, dos.M.S Salehov, prof. Ş.B.Quliyev, 1989-cu ildə Qazaxstanda uzun illər işləmiş t.e.d. V.M.Əliyev və bir müddət sonra gəlmiş t.e.n. Ş.Novruzova kimi əməkdaşlar öz pedaqoji və praktiki fəaliyyətinə görə yaddaşlarda qalmışdırlar. Onların əziz xatirəsi həmkarlarının, xəstələrinin və tələbələrinin qəlbində əbədi olaraq yaşayacaqdır.

B.A.Ağayevin rəhbərliyi ilə kafedranın hər 3 bazasında elmi paktik işlərin diapazonu genişləndirilirdi. Laporoskopik və endoskopik cərrahiyə üsulları uğurla tətbiq olunmağa başladı. İşə götürülmüş gənc əməkdaşlar (klinik ordinatorlar, aspirantlar) Türkiyəyə və başqa xarici ölkələrə yeni standartları mənimsəmək üçün ezam olunurdu.

Akad.B.A.Ağayevin əsaslı xidmətlərindən biri türkdilli xalqların cərrah qastroenteroloqları ilə yanaşı Avrasiya Cərrahları və Qastroenteroloqları Cəmiyyətinin yaradılması oldu. 1997-ci ildə yaradılmış bu cəmiyyətin ilk konqresi akad B.A.Ağayevin təşkilatçılığı ilə Bakı şəhərində keçirildi. Bundan sonrakı müddətdə də sözü gedən konqresin 5 dəfə ölkəmizdə Beynəlxalq səviyyədə təşkil olunmuşdur. Konqreslərdə kafedra əməkdaşlarının, eləcə də digər mütəxəssislərin elmi-tədqiqat və praktiki fəaliyyətinin nəticələri diqqətə çatdırılaraq əcnəbi mütəxəssislərlə fikir mübadilələri aparılmışdır. Kafedranın əməkdaşı olan prof. R.M.Ağayev ilk konqresin məsul katibi sonralar isə daimi olaraq təşkilat komitəsinin üzvü olub. Hazırda prof. R.M.Ağayev 11-14 sentyabr 2019-cu il tarixində keçiriləcək konqresin təşkilatçılığına rəhbərlik edir və hazırlıq işləri tamamlanmaq üzərindədir.

Akad. B.A.Ağayevin fəaliyyəti dövlətimiz tərəfindən yüksək qiymətləndirilib. 1998-ci ildə Respublikanın Prezidenti H.Ə.Əliyevin Sərəncamı ilə akademik B.A.Ağayevə şöhrət ordeni verilib. Bu həm də II Cərrahi xəstəliklər kafedrasının işinə verilən qiymət idi.

2018-ci il aprel ayının 4-də akademik B.A.Ağayev vəfat etdi. Bu böyük alimin, gözəl insanın, müdrik müəllimin mahir cərrahın əziz xatirəsi təkcə tibb ictimaiyyətinin deyil, bütün onu tanıyanların qəlbində əbədi yaşayacaqdır.

2018-ci ilin iyul ayında kafedra müdiri vəzifəsinə kadedranın professoru R.M.Ağayev seçildi. R.M.Ağayev kafedranın yetişdirdiyi kadrdır. Namizədlik və doktorluq dissertasiyalarını Moskva şəhərində Elmi Cərrahlıq mərkəzində müdafiə edib. Kafedrada assistent, dosent, professor işləməklə yanaşı, Səhiyyə nazirliyində Şöbə müdirinin müavini Respublika Diaqnostika Mərkəzində və Tibb Universitetinin Tədris Cərrahiyə Klinikasında direktor müavini (baş həkim) vəzifələrində işləyib.

Hazırda prof. R.M.Ağayev “Cərrahiyyə” jurnalının baş redaktorudur, 5 nüfuzlu Beynəlxalq Tibb jurnallarının (Türkiyə, Russiya, İngiltərə, Hindistan, Özbəkistan) rəyasət heyətinin üzvüdür. “Cərrahiyyə” jurnalı Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında AAK-sı tərəfindən qəbul olunub və ölkəmizdə tanınmış elmi-tibbi jurnalları arasında xüsusi yer almışdır.

Professor R.M.Ağayev Akademik M.A.Topçubaşov adına Elmi Cərrahiyyə Mərkəzinin nəzdində fəaliyyət göstərən “Cərrahlıq” üzrə ixtisaslanmış Dissertasiya şurasının sədridir, Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin Elmi-tibbi Şurasının üzvüdür. Bundan əlavə prof. R.M.Ağayev hazırda Beynəlxalq Avrasiya Cərrah və Qastroenterologiya Cəmiyyətinin rəyasət heyətinin üzvüdür.

Uzun illər fasilədən sonra “Azərbaycan Cərrahiyyə və Qastroenterologiya Assosiasiyası” cəmiyyətinin fəaliyyəti professor R.M.Ağayevin təşəbbüsü ilə bərpa edilmişdir. Hazırda sözü gedən cəmiyyət “Azərbaycan Cərrahlar və

Qastroenteroloqlar İctimai Birliyi” adında ilk iclası 26.04.2019-cu il tarixində akademik M.A.Topçubaşov adına Elmi Cərrahiyyə Mərkəzində keçirilmişdir.

İndi R.M.Ağayevin rəhbərliyi ilə kafedranın ənənələri qorumaqla yanaşı, tədris və müalicə işi günün tələbləri səviyyəsində Beynəlxalq Standartlara uyğunlaşdırılır. Cərrahi xəstəliklərin yeni elmi istiqamətləri üzrə tədqiqat işləri daim diqqət mərkəzindədir. Bunların arasında qaraciyərin parazitar və qeyri-parazitar sistlərinin müalicəsi, öd yollarının yatrogen zədlənmələri, yoğun və düz bağırsağın xəstəlikləri, orqan və kök hüceyrə transplantasiyasının xüsusiyyətləri, bariatrik cərrahiyyə kimi aktual məsələlər xüsusi yer tutur.

Hazırda kafedrada 3 professor, (S.İ.Hadıyev, R.M.Ağayev və X.N.Musayev) 5 dosent (t.e.n. M.Ə.Şükürov t.e.n. B.İ.Quliyev, t.e.d. Y.Q.Əliyev, t.e.d P.A.Abbasov, t.e.d. R.E.Cəfərli) və 9 assistent (R.M.Məmmədov, t.ü.f.d. A.O.Səfərov, t.ü.f.d Nəcəfquliyeva, t.e.n. S.Əliyeva, t.ü.f.d R. Qasımov, t.e.n. V.Abbasov. t.e.n. E.Ə.Abdinov, M.Q.Məcidov, K.H.Sarıyeva) fəaliyyət göstərirlər. Kafedranın bir doktorantı Məmmədova B.M, 4 baş laborantı (t.e.n.Cəfərli Z.E, t.e.n.Nəsibov E.U, Şirinova F.M, Əhmədova Ü.S) və 2 laborantı (Hüseynova M.M, Eyvazova İ.R.) tədris işində lazımi köməklik göstərirlər.

Kafedra müdirinin tədris işləri üzrə müavini vəzifəsini t.e.d., dos. R.E.Cəfərli icra edir.

Professor Hüseyn Kərim oğlu Əliyevin və akademik Böyükkişi Ağa oğlu Ağayevin böyük ənənələrini və məktəbini ləyaqətlə davam etdirən kollektiv elmi-tədqiqat fəaliyyətini uğurla davam etdirir.

Kafedranın müdiri prof R.M.Ağayev Topçubaşov adına Elmi Cərrahlıq Mərkəzinin, kafedranın professoru S.İ.Hadıyev isə eyni zamanda Tibb Universitetinin T.C.K direktorlarıdırlar.

Kafedranın dosenti, t.e.d. Y.Q.Əliyev kafedranın kliniki bazalarından biri olan, akademik M.A.Topçubaşov adına Elmi Cərrahiyyə Mərkəzinin Baş həkimidir. Həmin mərkəzin nəzdində fəaliyyət göstərən Dissertasiya Şurasının üzvüdür.

Professor X.N.Musayev Azərbaycan Tibb Universitetinin II Cərrahi xəstəliklər kafedrasının şöbə müdiridir. Bununla yanaşı prof. X.N.Musayev ATU-nun Kolorektal Cərrahiyyə Dərnəyinin sədri, Avropa Kolorektal Cərrahiyyə Dərnəyinin Azərbaycan üzrə təmsilçisi, ATU-nin Fakültə Elmi Şurasının və Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında AAK-nın Ekspert Şurasının üzvüdür.

Kafedranın əməkdaşları işlərini günün tələblərinə uyğun quraraq, bu gündən sonra da tələbələrin və xəstələrin inamını və etimadını doğruldacaqlar.