Azərbaycanda patoloji fiziologiya fənninin tədrisinə ümumi patologiya adı altında 1919-cu ildən Bakı Universitetinin (indiki Bakı Dövlət Universiteti) nəzdində yaradılmış tibb fakultəsində başlanmışdır. Patoloji fiziologiya (ümumi patologiya) fənnindən dərslər 1923-cü ilə qədər professor İ.N. Şirokoqorovun rəhbərlik etdiyi patoloji anatomiya kafedrasında professor M.S. Milman və dosent Tolstuxov tərəfindən aparılmışdır.

1922-ci ildə patoloji fiziologiya elminin banilərindən hesab edilən, görkəmli patofizioloq V.V. Paşutinin tələbəsi Nikolay Qriqoryeviç Uşinski (1863-1933) universitet rəhbərliyi tərəfindən Bakıya dəvət olunmuş, tibb fakültəsinin nəzdində müstəqil ümumi patologiya kafedrası yaradaraq ona rəhbərlik etməyə başlamışdır. 1925-ci ildən isə kafedranın və ümumiyyətlə, keçmiş SSRİ ərazisində yaradılmış ümumi patologiya kafedralarının hamısının adı «Qlavprofobra» metodik komissiyasının qərarı ilə dəyişdirilərək, patoloji fiziologiya kafedrası adlandırılmışdır. Beləliklə, Azərbaycanda ilk müstəqil patoloji fiziologiya kafedrası yaranmış, bu elmin əsası qoyulmuş və milli kadrların hazırlığına başlanmışdır.

Bakı Dövlət Universitetinin fəaliyyətinin ilk illərində patoloji fiziologiya fənninin tədrisi rus dilində aparılırdı. Yalnız 30-cu illərin əvvəllərində N.Q. Uşinskinin tələbələri - M.M. Mirsəlimov və Ə.H. Ələkbərov patoloji fiziologiya üzrə ilk dəfə Azərbaycan dilində məşğələlər aparmağa və mühazirələr oxumağa başladılar. N.Q. Uşinski Azərbaycanın ilk milli patofizioloq kadrlarının hazırlanması sahəsində böyük işlər görmüşdür. O, 100-dən artıq elmi əsər yazmış, 16 doktorluq dissertasiyasına rəhbərlik etmişdir. Onun «Ümumi və eksperimental patologiya» dərsliyi 3 dəfə (1907, 1913 və 1923-cü illərdə) nəşr edilmişdir. Bu kitabın 3-cü nəşri («Курс общей и экспериментальной патологии». Баку, изд-во Наркомпроса Азербайджанской ССР, 1923) Bakıda olmuşdur. Professor N.Q. Uşinskinin apardığı elmi-tədqiqat işləri öz layiqli qiymətini almış, ona 1929-cu ildə Bakı Dövlət Universitetinin 10 illik yubileyi ərəfəsində «Azərbaycanın əməkdar elm xadimi» adı verilmişdir.

N.Q. Uşinski təqaüdə çıxdıqdan sonra (1932-ci il) patoloji fiziologiya kafedrasına M.M. Mirsəlimov (1897-1957) rəhbərlik etmişdir. O, 1939-cu ildə doktorluq dissertasiyası müdafiə etmiş, 1940-cı ildə isə ona professor elmi adı verilmişdir. M.M. Mirsəlimovun  elmi işləri əsasən zülal aclığı və qan xəstəlikləri problemlərinə həsr edilmişdir. Tibb elminin inkişafında və tibb kadrlarının yetişdirilməsində xidmətlərinə görə M.M. Mirsəlimov «Azərbaycan Respublikasının əməkdar həkimi» və «əməkdar elm xadimi» fəxri adlarına layiq görülmüşdür. O, 1952-ci ildə Azərbaycan Dövlət Həkimləri Təkmilləşdirmə İnstitutunda klinik patofiziologiya kafedrası təşkil etmiş və ömrünün sonuna qədər həmin kafedraya rəhbərlik etmişdir.

1953-1966-cı illərdə Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun  patoloji fiziologiya kafedrasına professor T.H. Paşayev (1910-1966) rəhbərlik etmişdir. T.H.Paşayev ADTİ-ni bitirdikdən sonra Kiyevdə Ukrayna Eksperimental Biologiya və Patologiya İnstititunda aspiranturada oxumuş və akademiklər A.A. Boqomolets və N.N. Sirotininin rəhbərliyi ilə «Endokrin çatışmazlığı şəraitində hiperergik iltihabın yaranması və gedişi» mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir. O, 1945-ci ildə «Naftalan neftinin bioloji təsirinə dair» mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmiş, 1947-ci ildə isə professor vəzifəsinə seçilmişdir. Onun təşəbbüsü ilə patoloji fiziologiya kafedrasının nəzdində allerqologiya və Naftalan neftinin müalicəvi təsirinin öyrənilməsi üzrə Problem Elmi-Tədqiqat laboratoriyası yaradılmışdır.

Prof. T.H. Paşayev 1940-1950-ci ilərdə İstisu və Naftalan kurortunun elmi rəhbəri olmuşdur. O, bir çox illər ərzində Azərbaycan Patofizioloqlar Elmi Cəmiyyətinə rəhbərlik etmiş, «Patoloji fiziologiya və eksperimental terapiya» jurnalının redaksiya heyətinin və SSRİ EA-nın allerqologiya üzrə problem komissiyasının üzvü, Ümumittifaq, Zaqafqaziya və Respublika səviyyəsində keçirilən bir sıra elmi konfransların təşkilatçısı olmuşdur. Onun rəhbərliyi ilə 1955-ci ildə patoloji fiziologiya problemlərinə həsr edilmiş ilk respublika konfransı keçirilmişdir. 1958-ci ildə isə ilk dəfə Bakıda patofizioloqların I Qafqaz Respublikalararası Konfransı keçirilmiş və konfransın materialları T.H. Paşayevin redaktorluğu ilə 35 çap vərəqi həcmində nəşr edilmişdir. O, 1963-cü ildə «Allergiya və autoallergiya» problemlərinə həsr edilmiş Ümumittifaq simpoziumun, 1965-ci ildə Naftalan neftinin müalicəvi amillərinin öyrənilməsi və klinik şəraitdə istifadə edilməsi problemlərinə həsr edilmiş, Ümumittifaq konfransın təşkilatçısı olmuşdur. T.H Paşayev 150-dən artıq elmi məqalənin və 2 monoqrafiyanın müəllifidir. Bunlardan 1959-cu ildə Moskvada rus dilində çap edilmiş «Naftalan nefti və onun müalicəvi əhəmiyyəti» adlı monoqrafiyanın böyük elmi-praktik əhəmiyyətini xüsusilə qeyd etmək lazımdır. T.H. Paşayev milli patofizioloq kadrların hazırlanması işinə də böyük diqqət yetirirdi. Onun rəhbərliyi ilə 5 doktorluq və 21 namizədlik dissertasiyası müdafiə edilmişdir.

1967-1971-ci illərdə ADTİ-nin patoloji fiziologiya kafedrasına prof. Ə.H. Ələkbərov (1986-1971) rəhbərlik etmişdir. O, 1931 -ci ildən kafedrada assistent vəzifəsində çalışmış, 1930-cu ildə namizədlik, 1967-ci ildə «Qızdırma və bədənin qızması şəraitində reaktivliyin xarakteristikası» mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. Ə.H. Ələkbərov patoloji fiziologiyanın müxtəlif problemlərinə həsr edilmiş 70-dən artıq elmi məqalənin müəllifidir. Onun vəfatından sonra 1972-ci ildə kafedra müdiri vəzifəsinə G.Ə. Hüseynov (1919-1978) seçilmişdir.

G.Ə. Hüseynov kafedrada əvvəl assistent, sonra isə dosent vəzifəsində çalışmış, 1965-ci ildə «Böyrəküstü vəzinin qabıq maddəsinin funksional vəziyyətinə hemotransfuziyanın təsiri, norma və eksperimental patologiya şəraitində onun morfoloji və biokimyəvi tərkibi» mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. G.Ə. Hüseynov 17 il ərzində Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Hematologiya və Qanköçürmə İnstitutunun direktoru olmuşdur. 1972-ci ildən ömrünün sonuna qədər kafedraya rəhbərlik edən G.Ə. Hüseynovun əsas elmi tədqiqatları transfuziologiya və hematologiya problemlərinə həsr edilmişdir. O, 200-dən artıq elmi əsərin müəllifi olmuş, 6 doktorluq və 7 namizədlik disertasiyasına rəhbərlik etmişdir.

Y.C. Məmmədov 1979-cu ildə ADTİ-nin patoloji fiziologiya kafedrasının müdiri vəzifəsinə seçilmişdir. O, patoloji fiziologiya kafedrasında aspirantlıqdan professor və kafedra müdiri vəzifəsinə qədər yüksəlmişdir. Y.C. Məmmədov 1969-cu ildə «Naftalan neftinin simpatoadrenal sistemə təsiri» mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir. Onun elmi tədqiqat işlərinin nəticələri digər müəlliflərlə birgə yazdığı «Naftalanın müalicəvi təsirinin mexanizmləri» (Bakı 1983,) monoqrafiyasında öz əksini tapmışdır. Y.C. Məmmədov 1982-ci ildə Moskvada «Venoz trombozun kompleks müalicəsində qan və limfanın laxtalanmasının korreksiyası» mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmiş və həmin ildə də professor elmi adını almışdır. 1989-cu ildə Azərbaycan Respublikası EA-nm müxbir üzvü, 1993-cü ildə Azərbaycan Milli Yaradıcılıq Akademiyasının həqiqi üzvü seçilmişdir. SSRİ Səhiyyə əlaçısıdır (1975), Azərbaycan Respublikasının əməkdar həkimi (1981), əməkdar elm xadimidir (1991). Ümumittifaq N.N. Vavilov mükafatı laureatıdır. Onun müxtəlif xəstəliklərin patogenezində limfa sistemində gedən patofızioloji dəyişikliklərin rolunun öyrənilməsi və laxtalanma əleyhinə, trombolitik və limfastimullaşdırıcı yeni preparatların alınması, öyrənilməsi və tətbiqi sahəsində apardığı elmi işlərin nəticələri “Qan və limfanın laxtalanması: venaların trombozu zamanı onun korreksiyası” (Bakı, 1985), “Miokard infarktı, ürəyin limfa sistemi, onun patofıziologiyası və müalicəsinin patogenetik əsasları” (Moskva, Meditsina, 1989), “Praktik limfologiya” (1982), “Naftalan neftinin və onun bəzi fraksiyalarının orqanizmə təsir mexanizmi” (1983), “Hemostaziologiyanın aktual problemləri” (Moskva, Elm nəşriyyatı 1979-1982) və s. monoqrafiyalarında öz əksini tapmışdır. O, 460-dan artıq elmi əsərin, o cümlədən 8 dərsliyin və dərs vəsaitinin, 8 monoqrafiyanın, 12 elmi-praktik kütləvi kitabçanın, 45 ixtiranın, bir neçə səmərələşdirici təklifin və 16 metodik tövsiyyənin, patoloji fiziologiyadan azərbaycan dilində nəşr olunmuş ilk iri həcmli dərsliyin (1975-1989-2004) müəllifidir. Onun rəhbərliyi ilə 31 tibb üzrə fəlsəfə doktoru və 9 tibb elmləri doktoru hazırlanmışdır. Bir sıra beynəlxalq elmi təşkilat və cəmiyyətlərin, o cümlədən “Beynəlxalq Patofizioloqlar Cəmiyyəti” nin, "Ürəyin öyrənilməsi üzrə Beynəlxalq Elmi Cəmiyyət” in, "Ekstremal vəziyyətləri öyrənən Beynəlxalq Cəmiyyətin üzvü olmuş, eləcə də “Beynəlxalq Limfoloqlar Cəmiyyətinin sədr müavini seçilmişdir. Y. Məmmədov limfa sistemin müxtəlif xəstəliklərin patogenezində rolu və pozulmuş funksiyaların korreksiya olunması üsullarının işlənib hazırlanması, yeni limfatrop maddələrin alınması ilə məşğul olan səmərəli elmi fəaliyyət göstərən məktəb yaratmışdır. Y.C. Məmmədovun təşəbbüsü ilə 1991-ci ildə limfatrop dərman preparatlarının hazırlanması ilə məşğul olan Eksperimental Limfologiya Problem Elmi-Tədqiqat Laboratoriyası yaradılmışdır. Burada Azərbaycanın bitki və mineral mənşəli dərman ehtiyatları əsasında limfatrop xassəyə malik 40-a qədər bioloji fəal maddə əldə edilmişdir. Bunlardan nikomorfolin və qlisiramdan praktik təbabətdə geniş istfadə edilir. 

           Y.C.Məmmədov tələbə ikən fakültə həmkarlar təşkilatının sədri, institutun komsomol komitəsinin katibi seçilib. 1970-1973-cü illərdə dekan müavini, fakültə dekanı, 1973-1980-ci illərdə institut partiya komitəsinin katibi seçilib, 1980-1983-cü illərdə institutun tədris işləri üzrə prorektoru, 1983-1992-ci illərdə Tibb Universitetinin rektoru vəzifəsində çalışıb. Dəfələrlə Nəsimi rayon, Bakı Sovetinin deputatı və Azərbaycan KPMK-nın, rayon, şəhər partiya komitələrinin üzvü seçilib. 1990-1995-ci illərdə Azərbaycan Respublikasının Ah Sovetinə deputat seçilib. 1992-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Ah Sovetinin sədri seçilib və eyni zamanda Respublika Prezidentinin səlahiyyətlərini icra edib. 1981-ci ildə "Qırmızı Əmək Bayrağı", 1987-ci ildə isə "Xalqlar Dostluğu" ordenləri ilə təltif olunub. «Qayğı», «Vətən», «Qarabağa Xalq Yardımı», «Azərbaycan Ağsaqqallar Şurası», «Uşaq fondu», «Azərbaycan Demokratik Ziyalılar ittifaqı» kimi cəmiyyətlərin idarə heyətlərinin üzvü seçilmişdir. Y.C.Məmmədovu 2003-cü ildə Kembric (İngiltərə) Beynəlxalq Bioqrafiya Mərkəzi (İBC) “21-ci əsrə qədəm qoymuş dünyanın 2000 ən görkəmli alimi” siyahısına daxil edib, müvafiq diplom və medalla təltif etmişdir. Beynəlxalq Bioqrafiya Mərkəzi (İBC)Kembric (İngiltərə) “Canlı əfsanə” kitabına dünyanın 500 nəfər görkəmli alimi siyahısına daxil etmişdir (2005-ci il). 2005-ci ildə “Mir Mövsüm Ağa” fəxri mükafatı verilmişdir. 2007-ci ildə BMT-nin Beynəlxalq Sülh Federasiyası və Dinlərarası, Millətlərarası Ümumdünya Sülh Təşkilatı “Sülhməramlı səfir” adı vermişdir.

Y.C.Məmmədovun Tibb İnstitutunda rektor işlədiyi dövr institutda intibah dövrü, onun yenidən qurulması, yeni kafedraların, laboratoriyaların, kursların, şöbələrin açılması, yeni ixtisaslar üzrə kadr hazırlığının həyata keçirilməsi, institutun maddi-texniki bazasının kökündən yaxşılaşdırılması, 2500 yerlik 12 mərtəbəli tədris korpusunun tikilməsi, mərkəzi elmi tədqiqat laboratoriyası üçün 5 mərtəbəli korpusun və vivarium binasının tikilməsi, 1200 tələbəni qəbul edən 4 yataqxana tikilib istifadəyə verilməsi, əməkdaşlar üçün 2 kooperativ binanın tikilib istifadəyə verilməsi, böyük idman kompleksinin, hovuzun tikilib istifadəyə verilməsi, Nabranda 250 yerlik sağlamlıq-istirahət kompleksinin yaradılması ilə xarakterizə olunur. Qəbul imtahanlarının açıq qapı şəraitində bütün valideynlərin iştirakı ilə keçirilməsi ilə yadda qalır. Onun rektorluq dövründə ölkənin mərkəzi elmi-tədqiqat institutlarında, Ali Tibb İnstitutlarında 65 nəfər elmlər doktoru, 286 nəfər elmlər namizədi hazırlanmışdır. Bütün bu nailiyyətlərin əsasında onun təşəbbüsü ilə SSRİ məkanında SSRİ Ali Təhsil və Səhiyyə nazirliklərinin razılığı ilə 1991-ci ilin fevralında Azərbaycan Respublikası Nazirlər Sovetinin qərarı ilə Tibb İnstitutuna Tibb Universiteti statusu verilmişdir.

Kafedranın professoru C.H. Təqdisi 1954-cü ildə namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir. Sonralar C.H. Təqdisi şokun patogenezi, profilaktikası və müalicəsinə dair tədqiqatın nəticəsi əsasında 1964-cü ildə Leninqradda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. O, 1968-ci ildə ADTİ-nin professoru vəzifəsinə seçilmişdir. C.H. Təqdisi 500-ə qədər elmi məqalənin, bir neçə monoqrafiyanın müəllifidir. Prof. C.H. Təqdisi və prof. S.C. Əliyevin orqanizmin reaktivliyində ıuikroelementlərin rolunun tədqiqinə dair apardıqları elmi-tədqiqat işləri yüzlərlə elmi əsərdə, o cümlədən C.H.Təqdisinin «Mikroelementlər və orqanizmin neyrohumoral requlyasiyası» (Bakı. Azərnəşr, 1980, rus dilində), C.H. Təqdisi və S.C. Əliyevin «Mikroelementlər və sağlamlıq» (Москва, Знание, 1983, rus dilində) monoqrafiyalarında öz əksini tapmışdır. C.H. Təqdisi tərəfindən aparılan elmi tədqiqatların nəticələri isə «Şokun müasir məsələləri» (Bakı, Azərnəşr, 1975, rus dilində), «Şok» (Москва, Знание, 1980, rus dilində) monoqrafiyalarında və elmi məqalələrində şərh edilmişdir. C.H. Təqdisi elmi-metodik fəaliyyətinə görə, «Azərbaycanın əməkdar ali məktəb işçisi» adma layiq görülmüşdür.

2001-ci ildən patoloji fiziologiya kafedrasına rəhbərliyi professor S.C. Əliyev həyata keçirir. O, 1969-1972-ci illərdə patoloji fiziologiya kafedrasında aspiranturada oxumuş, «Litium və sezium mikroelementlərinin orqanizmin reaktivliyinə təsiri» mövzusunda namizədlik dissertasiyasını tamamlayaraq, 1973-cü ildə müdafiə etmişdir. 1972-ci ildə assistent, 1973-cü ildə baş müəllim, 1976-cı ildə isə dosent vəzifəsinə seçilmişdir. Uzun illər kafedranın tədris hissə müdiri vəzifəsində çalışmışdır. O, 1982-1988-ci illərdə dəfələrlə Moskva şəhərinə ezam olunmuş, ümumittifaq allerqologiya mərkəzində akademik A.D. Adonun rəhbərliyi altında doktorluq dissertasiyasının ayrı-ayrı fraqmentləri üzərində işləmişdir. O, 1986-cı ildə «Səhiyyə əlaçısı», 1992-ci ildə «Patoloji şəraitdə limfanm element tərkibinin dəyişməsi və onun korreksiyası» mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmiş, 1993-cü ildə kafedranın professoru vəzifəsinə seçilmişdir. 1994-cü ildə AAK tərəfindən patoloji fiziologiya ixtisası üzrə professor elmi adma layiq görülmüşdür.S.C.Əliyev 1999-2001-ci illərdə I MPF-nin dekanı işləmiş, 2001-ci ilin fevral ayında patoloji fiziologiya kafedrasının müdiri vəzifəsinə seçilmiş və həmin ilin may ayında isə universitetin tədris işləri üzrə prorektoru vəzifəsinə təyin olunmuşdur. 2014-cü ildən həm tədris, həm də Müalicə işləri üzrə prorektor, 2015-2016- cı tədris illərində ATU-nun rektoru vəzifəsini icra etmişdir.

Azərbaycan Respublikasının Təhsil Nazirliyində fəaliyyət göstərən «Tibbi- nəzəri bölmə»nin, Universitetin “patofiziologiya, biokimya, farmakologiya” üzrə ixtisaslaşmış Müdafiə Şurasının sədridir. Universitetin Böyük Elmi Şurasının, Azərbaycan Tibb Jurnalı redaksiya şurasının üzvüdür.

S.C.Əliyev 399 elmi əsərin, 8 dərsliyin, 10 dərs vəsaitinin, 4 elmi-populyar broşuranın, ilk dəfə olaraq 3 dildə (azərbaycan, rus, ingilis) çap olunan patofızioloji atlas elektron-dərsliyin, bir neçə tədris-metodik vəsaitin, 2015-ci ildə isə yeni tədris proqramına uyğun «Patoloji fiziologiya»dan dərslik kitabının (I və II hissə) müəllifidir. 2019-cu ildə çap olunmuş “Patoloji fiziologiyadan təcrübi dərs vəsaiti”nin və rezidenturaya hazırlaşanlar üçün iki dildə (azərbaycan və rus) nəşr edilmiş “Patoloji fiziologiya” adlı vəsaitin müəllifidir. 2020-ci ildə çap olunmuş “Patoloji fiziologiya” dərs vəsaiti DİM- “Abituriyent-2020” üç dildə (azərbaycan, rus və ingilis), 2020-ci ildə çap olunan “Patoloji fıziologiya”dan situasiya məsələləri kitabının, 2023-cü ildə nəşr olunan "Руководство к практическим занятиям по патофизиологии с клинико-патофизиологическими аспектами", 2023-cü ildə "Patoloji fiziologiya" dərs vəsaiti kitabının müəllifidir.

Onun rəhbərliyi altında 20 namizədlik dissertasiyası, 3 doktorluq dissertasiyası müdafiə olunmuş, 2 doktorluq işi, 1 namizədlik işi davam etdirilir.

Hal-hazırda  AMEA nəzdində fəaliyyət göstərən «Tibb» şurasının üzvüdür. O, 2001- ci ildən Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirlyinin nəzdində fəaliyyət göstərən «Tibbi-nəzəri bölmə»nin, Səhiyyə Nazirliyinin nəzdində fəaliyyət göstərən «Patomorfologiya və patofiziologiya» üzrə komissiyanın, universitetin Mərkəzi Metodik Komissiyasının və «Anatomiya, patofiziologiya, biokimya, farmakologiya» üzrə ixtisaslaşmış Müdafiə şurasının sədri vəzifələrini də icra edir.

Professor S.C. Əliyevin tibb kadrlarının hazırlanmasındakı xidmətləri, elmi-pedaqoji fəaliyyəti və gördüyü təşkilati işlər dövlət tərəfindən layiqincə qiymətləndirilmişdir. 2000-ci ildə «Respublikanın əməkdar müəllimi» fəxri adlarına layiq görülmüş, 2003-cü ildə “Vektor” Beynəlxalq Elm Mərkəzi Mükafat Komissiyasının qərarı ilə “Azərbaycanın tanınmış alimləri” Beynəlxalq layihəsinin qalibi olmuşdur.

S.C.Əliyev 2010- cu ildə «Əməkdar elm xadimi» adına layiq görülmüşdür. 2011-ci ildə Beynəlxalq Təltiflər İttifaqi tərəfindən "Hippokrat" ordeni ilə təltif olunmuşdur. 2014-cü ildə Türk Dünyası Araşdırmaları Uluslararası İlimlər Akademisi tərəfindən Tibb bölümüne üstün hizmetlerinden dolayi "İbn-İ-Sina" diplomu ilə təltif olunub. 2018-ci ildə ATGTİ sıx əməkdaşlıq etdiyinə görə, təhsil müəssisəsində gənclərin sosial fəaliyyətinə qayğı və dəstək göstərdiyinə görə “İlin prorektoru” mükafatına layiq görülmüşdür. 2020-ci ildə Beynəlxalq Elmlər Akademiyasının tam üzvü kimi diploma layiq görülüb. 2021-ci ildə Dünya elmindəki və təhsilindəki xidmətlərinə görə Avropa Şərəf Ordeni ilə təltif olunmuşdur.

M.X.Əliyev 1981-ci ildə Azərbaycan Tibb Universitetini fərqlənmə diplomu ilə (adlı təqaüdlə) başa vurduğuna və universitetin ictimai həyatında (tələbə həmkarlar komitəsinin sədr müavini) fəal iştirakına görə Elmi Şuranın qərarı ilə patoloji fiziologiya kafedrasında aspiranturaya qəbul edilmişdir. Aspiranturada oxuduğu müddətdə tibb üzrə fəlsəfə doktoru dissertasiyasını tamamlayaraq müdafiə etmiş və 1985-ci ildə tibb elmləri üzrə fəlsəfə doktoru elmi dərəcəsini almışdır. Elə həmin il universitet rəhbərliyinin sərəncamı ilə patoloji fiziologiya kafedrasına assistent vəzifəsinə təyin edilmişdir. 1987-ci ildə müsabiqə yolu ilə baş müəllim, 1998-ci ildə isə dosent vəzifəsinə seçilmişdir. 2005-ci ildə doktorluq dissertasiyasını tamamlayaraq 2006-cı ildə müdafiə etmiş və Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyası ona tibb elmləri doktoru elmi dərəcəsi diplomunu vermişdir. 2011-ci ildə patoloji fiziologiya kafedrasının professoru vəzifəsinə seçilmiş və hal-hazırda bu vəzifədə çalışır.

M.X. Əliyev bu illər ərzində istər milli həkimlərin, istərsə də milli elmi-pedaqoji kadrların hazırlanmasında vicdanla çalışmış və əlindən gələni əsirgəməmişdir. Belə ki, o, 1985-ci ildən patoloji fiziologiya fənnindən azərbaycan, rus və ingilis bölmələrinin tələbələri ilə məşğələ dərslərini aparmış və onlara mühazirələr oxumuşdir. Patoloji fiziologiya fənnindən 3 praktik məşğələnin, azərbaycan, rus və ingilis dillərində nəşr edilmiş “Patoloji fiziologiyadan atlas” dərsliyinin (2008) və “Patoloji fiziologiyadan test sualları” dərs vəsaitinin (2015), 2 cilddən (2019, 2020) ibarət “Patoloji fiziologiya” dərsliyinin həmmüəllifıdir. O, tələbələrə təkcə patoloji fiziologiya fənnini tədris etməmiş, həm də onların müstəqil Azərbaycan Respublikasına layiqli kadr kimi formalaşmasında böyük əmək sərf etmişdir. Prof. M.X.Əliyev kafedrada tələbə elmi cəmiyyətinin əvvəlcə (1985-ci ildən) sədr müavini və sonralar (2005-ci ildən) sədri kimi fəaliyyət göstərmiş, tələbələrin elmi-tədqiqat işlərinə cəlb edilməsində və tələbə elmi işlərinin yerinə yetirilməsində bilik və bacarığını əsirgəməmişdir. M.X. Əliyevin rəhbərliyi ilə hazırlanan tələbə elmi işləri istər universitet və respublika, istərsə də xarici ölkələrdə keçirilən tələbə elmi konfranslarında məruzə edilmiş, rəğbətlə qarşılanmış və müxtəlif dərəcəli diplomlara layiq görülmüşdür.

M.X. Əliyev baza ali təhsili əsasında həkim mütəxəssislərin hazırlığı işində də fəal iştirak etmişdir. Belə ki, 2013-cü ildən Dövlət İmtahan Mərkəzinin Rezidentura şöbəsində baza təhsili əsasında rezidenturaya qəbul imtahanları üçün patoloji fiziologiya fənni üzrə test tapşırıqları hazırlayan qrupa rəhbərlik etmişdir. M.X.Əliyev qəbula hazırlaşan məzunlar üçün xüsusi proqram əsasında DİM-in dəstəyi ilə patoloji fiziologiya fənnindən azərbaycan və rus dillərində nəşr edilmiş (2020) dərs vəsaitlərinin həmmüəllifıdir.

M.X. Əliyevin elmi-pedaqoji kadrların hazırlanması işindəki fəaliyyətini də xüsusi qeyd etmək lazımdır. Belə ki, o 1985-ci ildən kafedrada aparılan elmi-tədqiqat işlərinin məsul icraçısı kimi onlarla fəlsəfə doktoru və elmlər doktoru dissertasiya işlərinin yerinə yetirilməsində və müdafiəyə təqdim edilməsində yaxından iştirak etmiş, öz bilik və təcrübəsi ilə gənc alimlərə böyük həvəslə dəstək olmuşdur. Onun bilavasitə rəhbərliyi ilə 3 fəlsəfə doktoru dissertasiyası müdafiə edilmiş, 1 fəlsəfə və 1 elmlər doktoru dissertasiyaları üzərində isə elmi tədqiqat işləri davam etdirilir. Bu vaxta qədər o, istər respublika, istərsə də xarici ölkələrin dövrü tibb nəşrlərində 300-dən çox elmi iş çap etdirmiş, onların xeyli hissəsi beynəlxalq xülasələndirmə və indekslənmə bazalarına daxil olan nəşrlərdir və xarici alimlər tərəfindən böyük rəğbətlə qarşılanır. Bunu, son illərdə Azərbaycan Tibb Jurnalında M.X. Əliyevin nəşr etdirdiyi məqalənin xarici tədqiqatçıların (Peters Kylye, 4 sentyabr 2020; J Editor, 22 oktyabr 2020; Sofia Williams, 17 dekabr 2020; Presley Tyler, 20 dekabr, 2020; Mendy Chen, 13 fevral 2021;Taylor Greene, 16 fevral 2021; Olivia Jones, 16 mart 2021; Carmelo Adsuar, 2021; Riccardo Accorsi, 6 may 2021; Hyunchul Ahn, 8 may 2021; Martin Grace, 23 may 2021; Giuseppe Loppolo, 27 may 2021; Firoz Alam 8 iyun 2021) böyük marağına səbəb olması və bu tədqiqatların nəticələrinin onların jurnallarına da göndərilməsini xahiş etmələri bir daha təsdiq edir.

Patoloji fiziologiya kafedrası əməkdaşlarının elmi maraqları kafedranın inkişafının ayrı-ayrı mərhələlərində təbabətin ən müxtəlif sahələrini əhatə etmişdir. Bu vaxta qədər kafedrada aparılan elmi işlər əsasında 30-a qədər doktorluq, 150-dən artıq namizədlik dissertasiyaları müdafiə edilmiş, 2000-dən çox elmi məqalə, onlarla monoqrafiya və elmi-kütləvi kitabça çap edimiş, patoloji fiziologiya üzrə 8 dərslik və 10 praktikum (azarbaycan, rus və ingilis dillərində) yazılmışdır. Kafedranın əməkdaşları keçən əsrin 30-cu illərinə qədər əsasən Azərbaycan Respublikasının kurort amillərinin tədqiqi və allergik xəstəliklərinin patogenezinin öyrənilməsi ilə məşğul olmuşlar. Sonrakı illər ərzində də respublikamızda eksperimental və klinik tədqiqatların əsas istiqamətlərindən biri Naftalan neftinin müalicəvi təsirinin öyrənilməsi olmuşdur. Patoloji fiziologiya kafedrasının əməkdaşları (M.M. Mirqasımov, T.H. Paşayev, Ə.G. Ələkbərov, G.Ə. Hüseynov, Y.C. Məmmədov, C.H. Təqdisi, S.C. Əliyev, V.B. Qasımova, M.İ. Manafova, M.A. Pənahi, İ.H. Musayev, Q.M. Hüseynov, E.A. Vecenkova, R.H. Əfəndiyeva, V.N. Qasımova) bu problemin həlli üçün böyük əmək sərf etmişlər. Hazırda kafedrada 3 tibb elmləri doktoru, 3 professor (kafedra müdiri, əməkdar müəlim, ə.e.x., professor Əiyev S.C. və kafedranın professoru, AMEA-nın müxbir üzvü, ə.e.x., Məmmədov Y.C və kafedranın professoru Əliyev M.X.), 15 t.ü.f.d, onlardan 10 dosent (Pənahi M.A., Quliyeva Ə.Ə., Əliyev S.H., İbrahimova G.H., Əliyeva A.C., Talışinskaya M.B., Əliyeva C.T., Hacıyeva S.İ., Əliyeva T.R., Hüseynova Ş.M) və 7 baş müəllim (Pənahova S.R., Əhmədzadə.Ü.L, Qasımova A.Ş., Niftəliyeva S.F., Cəfərova N.Ə., Qasımova V.N., Səfərəliyeva L.X) və 4 assistent (Ağamalıyeva Ü.C., İbrahimova J.Ş., Bədəlova A.T., Sultanova G.M), 3 baş laborant çalışır. Kafedrada allergik xəstəliklərin, ekstremal və terminal vəziyyətlərin patogenezində limfa sisteminin rolunun öyrənilməsi, bu zaman inkişaf edən patofizioloji dəyişikliklərin aradan qaldırılması üsullarının işlənib hazırlanması və bir sıra mikroelementlərin, sintetik kimyəvi maddələrin bioloji aktivliyinin öyrənilməsi istiqamətində elmi-tədqiqat işləri davam etdirilir.

70-ci illərdən etibarən kafedranın əməkdaşları patoloji fiziologiya üzrə 2 dərs vəsaiti (C.N. Təqdisi «Patoloji fiziologiyadan mühazirələr»,1974, Y.C. Məmmədov, İ.H. Musayev «Patoloji fiziologiya», 1975), azərbaycan və rus dillərində praktikumlar (Y.C. Məmmədov, C.H. Təqdisi, V.B. Qasımova, M.A. Pənahi, İ.H. Musayev, F.İ. İslamzadə və b.) nəşr edilmişdir. 1980-ci ildə A.D. Ado və L.M. İşimovanm redaktəsilə rus dilində yazılmış «Патологическая физиология» dərsliyi azərbaycan dilinə tərcümə (prof. G.Ə. Hüseynov tərəfindən) edilmişdir. Y.C. Məmmədovun, C.H. Təqdisinin və F.İ. İslamzadənin «Patoloji fiziologiya» dərsliyi 2 dəfə (1989, 2005) çap olunmuş, 2004-cü ildə S.C. Əliyev, H.M. Hacıyeva və N.C. Mikayılzadənin «Tibbi biliklərin əsaslan» və S.C. Əliyevin redaktəsi ilə «Patoloji fiziologiyadan təcrübi dərs vəsaiti», və “Patoloji fiziologiyadan situasiya məsələləri”, 2008-ci ildə isə S.C. Əliyev və M.X. Əliyevin «Patoloji fiziologiyadan atlas» dərslikləri 3 dildə (azərbaycan, ingilis, rus) işıq üzü görmüşdür, 2011-ci ildə Patoloji fiziologiya "Testlər" kitabı, 2015-ci ildə "Patoloji fiziologiya" kitabı (I hissə), 2016-cı ildə "Patoloji fiziologiya" (II hissə) kitabı, 2022-ci ildə "Patoloji fiziologiya" kitabı ingilis dilində çapdan çıxmışdır.

Bunlarla yanaşı, kafedranın əməkdaşları tibbi biliklərin əhali arasında yayılmasına da böyük diqqət yetirirlər. Belə ki, son onilliklər ərzində professorlar C.H. Təqdisi, Y.C. Məmmədov və S.C. Əliyev 10-a qədər elmi-kütləvi kitabça («Sağlamlığın düşməni», 1972; «Tromboz və emboliyalar», 1982; «Qanın laxtalanması və sağlamlıq», 1982; «Sağalmanın mexanizmləri», 1984; «Ekologiya və sağlamlıq», 1985; «Əmək və əhval-ruhiyyə», 1987; «Limfa öz sirrini açır», 1987; «İnsan ekstremal şəraitdə», 1991 və b.) çap etdirmişlər. Kafedra əməkdaşlarının nəşr etdirdiyi «Tibbi biliklərin əsasları» (S.C. Əliyev, N.M. Hacıyeva, N.C. Mikayızadə), «Patoloji fıziologiyadan situasiya məsələləri» (S.C. Əliyev, İ.H. Musayev), «Tibbi patologiya terminlərinin izahlı lüğəti» (Y.C. Məmmədov, S.C. Əliyev, N.C. Mikayılzadə, F.İ. İslamzadə), «İngiliscə-azərbaycanca tibb lüğəti», «Fenomenlərin sirri» (N.C. Mikayılzadə) kitabları bu «missiya»nı həyata keçirirlər.

Yuxarıda göstərildiyi kimi respublikamızda patoloji fiziologiya üzrə əsas elmi mərkəzlərdən biri də Ə.Əliyev adma AHTİ-nin ümumi patologiya kafedrası olmuşdur. Bu kafedraya prof. M.M. Mirsəlimovun vəfatından sonra uzun müddət əməkdar elm xadimi, prof. S.Ə. Quliyeva rəhbərlik etmişdir. O, uzun illər ərzində Naftalan kurortunun elmi rəhbəri olmuşdur. S.Ə. Quliyeva ömrünün sonuna qədər (2008) Respublika patofızioloqlarının Elmi Cəmiyytinin sədri olmuşdur. Hazırda ATU-nun ET mərkəzində, Ə. Əliyev adma                                                            AHTİ-nin mərkəzi ET Laborotoriyasmda,   M.Topçubaşov adına RECM-də patoloji fiziologiya labaratoriyaları fəaliyyət göstərir. Azərbaycan patofızioloqlarının elmi- tədqiqatlarının nəticələri keçmiş SSRİ miqyasında keçirilən müxtəlif elmi qurultay, simpozium və konfranslarda, həmçinin bir sıra beynəlxalq elmi cəmiyyətlərin konqresslərində müzakirə edilmiş və geniş nüfuz qazanmışdır. 1970-ci ildə SSRİ patofıziologiya cəmiyyətinin ilk qurultayının Bakıda keçirilməsi və kafedranın əməkdaşlarından S.C. Əliyevin, Y.C. Məmmədovun, C.H. Təqdisinin və İ.H. Musayevin növbəti - II (Taşkənd, 1972) və III (Tbilisi, 1982) qurultaylarında təşkilat komitələrinin üzvləri seçilmələri və maraqlı məruzələrlə çıxışlar etmələri patoloji fiziologiyanın inkişafında Azərbaycan alimlərinin rolunun keçmiş ittifaq miqyasında etirafının təzahürü hesab etmək olar. Son illər Azərbaycan patofizioloqların yerinə yetirdiyi elmi-tədqiqat işlərinin nəticələri, nəinki keçmiş SSRİ məkanında keçirilən müxtəlif səviyyəli elmi forumlarda, həmçinin uzaq xarici ölkələrdə, o cümlədən ABŞ-da, Fransada, Türkiyədə, İranda, İzraildə, İspaniyada, BƏR-də və s. keçirilən elmi qurultaylarda, konqresslərdə və simpoziumlarda səslənir.