Farmakologiya kafedrası 1920-ci ilin aprel ayında Bakı Dövlət Universitetinin (BDU) tibb fakültəsi nəzdində yaradılmışdır. 1930-cu ildə BDU-nun tibb fakültəsinin bazasında müstəqil Azərbaycan Tibb İnstitutu (ATİ) yaradıldıqdan sonra, farmakologiya kafedrası bu institutun tərkibində fəaliyyət göstərməyə başlamışdır. ATİ universitet statusu aldıqdan sonra, farmakologiya kafedrası Azərbaycan Tibb Universitetinin (ATU) tərkibində fəaliyyət göstərir.

1920-1929-cu illərdə farmakologiya kafedrasına professor P.Y.Rostovsev rəhbərlik etmişdir. Akademik İ.P.Pavlovun tələbələrindən biri olan P.Y.Rostovsevin Azərbaycanda farmakologiya elminin inkişafı və fənnin elmi əsaslarla tədrisi istiqamətində böyük xidmətləri olmuşdur. Onun fəaliyyətinin nəticəsi olaraq həmin illərdə «Eksperimental farmakologiyaya rəhbərlik» və «Həkimlik resepturasının öyrənilməsinə rəhbərlik» kimi qiymətli dərs vəsaitləri hazırlanmışdır.

1929-cu ildə farmakologiya kafedrasına müdir seçilən professor A.M.Çernikov kafedraya 1940-cı ilə qədər rəhbərlik etmişdir. Akademik İ.P.Pavlov məktəbinin ənənələrini davam etdirən A.M.Çernikov kafedrada eksperimental laboratoriya yaratmış, farmakologiyanın müxtəlif problemlərinə həsr edilmiş «Farmakologiyada reaktivlik problemi», «Allergik reaksiyaların mexanizmi» və s. kimi qiymətli tədqiqat işləri aparmışdır. Nəzəriyyə ilə praktikanı əlaqələndirməyə çalışan alimin «Neft və neft məhsullarının insan orqanizminə zərərli təsiri» mövzusunda yerinə yetirdiyi elmi-tədqiqat işlərinin, neft ölkəsi olan Azərbaycan üçün müstəsna əhəmiyyəti xüsusilə qeyd olunmalıdır. Ölkəmizin zəngin dərman bitki florasının farmakoloji aspektlərinin öyrənilməsinin ilk təşəbbüskarlarından biri də professor A.M.Çernikov olmuşdur. Onun rəhbərliyi altında Azərbaycanda bitən bəzi dərman bitkilərinin, xüsusən, alkoloid, qlikozid və s. bioloji aktiv komponentlərinin eksperimental-farmakoloji tədqiqi aparılmışdır. Professor A.M.Çernikov farmakologiya fənninin tədrisi prosesinin yaxşılaşdırılması, müəllimlərin peşə hazırlığı səviyyəsinin yüksəldilməsi istiqamətində də xeyli işlər görmüşdür. Onun rəhbərliyi altında 3 doktorluq (Ə.M.Əliyev, Q.X.Sərkisov, F.K.Kovşar) və 2 namizədlik dissertasiyası (H.B.Allahverdibəyov, P.A.Yüzbaşinskaya) yerinə yetirilmişdir. Professor A.M.Çernikovun rəhbərliyi altında «Eksperimental nefrit və onun müalicəsi» mövzusunda doktorluq dissertasiyası yerinə yetirib, onu 1937-ci ildə böyük müvəffəqiyyətlə müdafiə edən ilk azərbaycanlı alim sonralar məşhur partiya və dövlət xadimi kimi şöhrət tapan Əziz Məmmədkərim oğlu Əliyev olmuşdur. Eksperimental hissəsi bütünlüklə farmakologiya kafedrasında (1932-1934-cü illərdə) klinik hissəsi isə Moskvada yerinə yetirilən bu əsər öz elmi və praktik dəyərinə görə Ümumittifaq Gənc Alimlər müsabiqəsində SSRİ Elmlər Akademiyasının və ÜİLKGİ Mərkəzi Komitəsinin mükafatına layiq görülmüş, 1938-ci ildə isə SSRİ Ali Attestasiya Komissiyasının qərarı ilə ilin təbabət elmləri sahəsində müdafiə olunan ən yaxşı doktorluq dissertasiyası hesab edilmişdir.

1940-cı ildən 1969-cu ilə qədər farmakologiya kafedrasına t.e.n., professor Həmidbəy Allahverdibəyov rəhbərlik etmişdir. Səmimi və yüksək insani keyfiyyətlərə malik böyük alim olan professor H.B.Allahverdibəyovun adı kafedranın tarixinə həm də onun ilk azərbaycanlı müdiri kimi daxil olmuşdur. Professor H.B.Allahverdibəyovun kafedraya rəhbərlik etdiyi 30 ilə yaxın bir dövrdə farmakologiya elmi və tədrisinin inkişafında çox böyük işlər görülmüşdür. Azərbaycanın zəngin dərman bitki florasının öyrənilməsi üçün onun rəhbərliyi altında ölkənin Quba-Qusar-Xaçmaz-Altağac zonalarına və Muğan düzünə elmi ekspedisiyalar təşkil olunmuş Naftalan neftinin, Azərbaycanın mineral sularının və Masazır palçığının müalicəvi təsirinin öyrənilməsi istiqamətində maraqlı farmakoloji tədqiqatlar aparılmışdır. Təkcə onu qeyd etmək kifayətdir ki, professor H.B.Allahverdibəyovun farmakologiya kafedrasına rəhbərlik etdiyi dövrlərdə respublikanın dərman xammalının elmi tədqiqinin nəticəsi olaraq 365 elmi məqalə hazırlanaraq çap olunmuşdur.

1968-ci ildə farmakologiya kafedrasının bazası əsasında müalicə-profilaktika və stomatologiya fakültəsinin tələbələri üçün «Farmakologiya»; pediatriya, sanitariya-gigiyena və əczaçılıq fakültəsinin tələbələri üçün «Farmakologiya və toksikoloji kimya» adlı eyni profilli iki kafedra yaradıldı.

Müalicə-profilaktika və stomatologiya fakültəsinin «Farmakologiya» kafedrasına 1970-1979-cu illərdə t.e.d., professor S.N.Bağırov, 1979-1983-cü illərdə, t.e.d., professor R.Ə.Abdullayev rəhbərlik etmişdir.

Professor Səttar Bağırovun elmi tədqiqatları, əsasən, respublikanın təbii dərman vasitələrinin öyrənilməsinə həsr edilmişdir. O, müxtəliif eksperimental farmakoloji müayinə metodlarından istifadə etməklə, Turşsuyun və Naftalan neftinin orqanizmə göstərdiyi təsirləri geniş tədqiq etmiş və onların yüksək müalicəvi xüsusiyyətlərə malik olduğunu müəyyənləşdirmişdir.

Professor R.Ə.Abdullayevin elmi tədqiqatları, əsasən, müxtəlif dərman bitkilərinin sidikqovucu təsirinin öyrənilməsi və sulfonamid diuretiklərinin koronar qan dövranına göstərdiyi təsirin tədqiqinə həsr edilmişdir. O, kafedraya rəhbərlik etdiyi dövrlərdə daha çox müəllimlərin peşə hazırlığı səviyyəsinin yüksəldilməsi və elmi-tədqiqat işlərinin aparılmasına xüsusi diqqət yetirirdi.

Professor R.Ə.Abdullayev həm də institutun ictimai işlərində fəal iştirak etmişdir. O, bir müddət müalicə-profilaktika fakültəsinin dekan müavini, sonra isə stomatologiya fakültəsinin dekanı vəzifələrində işləmişdir. «Farmakologiyadan praktik məşğələlərə rəhbərlik» adlı iki hissədən ibarət dərs vəsaiti yazmışdır.

Pediatriya, sanitariya-gigiyena və əczaçılıq fakültəsinin «Farmakologiya və toksikoloji kimya kafedrasına» 1968- 1983-cü illərdə ə.e.x., t.e.d., professor D.Y. Hüseynov rəhbərlik etmişdir. 1983-cü ildə bu kafedra müalicə-profilaktika və stomatologiya fakültəsinin «Farmakologiya» kafedrası ilə birləşdirilmiş və yenidən vahid kafedra- «Farmakologiya» kafedrası adı altında fəaliyyət göstərməyə başlamışdır. Ona 1991-ci ilə qədər ə.e.x., professor D.Y. Hüseynov rəhbərlik etmişdir. ATİ-nin ictimai həyatında daima yaxından iştirak edən professor D.Y.Hüseynov 1966-1968-ci illərdə əczaçılıq fakültəsinin dekanı olmuşdur. Elmi tədqiqatları əsasən ölkəmizin zəngin dərman bitki florasının öyrənilməsinə həsr etmiş professor D.Y.Hüseynov 180 elmi məqalənin, o cümlədən, 5 dərslik, 4 dərs vəsaiti, 6 monoqrafiya, 3 tədris-metodik vəsait, farmakologiyadan 2 məlumat kitabı, tibb terminləri lüğəti və bir neçə elmi-pubilistik kitabın müəllifi olmuşdur.

1991-1993-cü illərdə farmakologiya kafedrasına b.e.d., professor Z.C.İsmayılova rəhbərlik etmişdir. O, 1964-cü ildə Sankt-Peterburq Kimya-Əczaçılıq İnstitutunu bitirmiş, 1967-ci ildə namizədlik, 1991-ci ildə doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. Azərbaycanda elmlər doktoru, professor dərəcəsinə yüksəlmiş ilk qadın farmakoloqdur. Kafedraya rəhbərlik etdiyi dövrlərdə, xüsusən, gənc və perspektivli kadrların pedaqoji işə cəlb olunması, yüksək ixtisaslı lektorların hazırlanması istiqamətində yaddaqalan xidmətləri olmuşdur. Professor Z.C.İsmayılova, farmakologiya elminin müxtəlif problemlərinə həsr edilmiş 120-dən artıq elmi məqalənin müəllifidir. Apardığı uğurlu elmi-tədqiqatların nəticəsi olaraq 5 müəlliflik şəhadətnaməsi almışdır.

1995-2000-ci illərdə farmakologiya kafedrasına professor M.N.Əliyev rəhbərlik etmişdir. 1969-cu ildə ATİ-ni bitirən M.Əliyev SSRİ TEA-nın Eksperimental Endokrinologiya və Hormonların Kimyası İnstitutuna məqsədli aspiranturaya göndərilmişdir. O, bu institutda 1973-cü ildə «Eksperimental tireoid toksikozu zamanı onurğa beyinin reflektor fəaliyyətinin supraspinal tənziminin pozulması» mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir. «Quyruqlu nüvənin neyropatoloji sindromlarının modelləşdirilməsi və onun eksperimental terapiyası» mövzusunda doktorluq dissertasiyasını SSRİ TEA-nın Ümumi Patologiya institutunda professor Q.N.Krıjanovskinin rəhbərliyi altında yerinə yetirmişdir. Doktorluq dissertasiyasını 1982-ci ildə müdafiə edərək patofiziologiya ixtisası üzrə tibb elmləri doktoru elmi dərəcəsi almışdır. Patofiziologiya sahəsində uğurlu elmi tədqiqatlarının nəticəsi olaraq 1980-cı ildə Ümumittifaq Lenin komsomolu mükafatına layiq görülmüşdür.

1973-1986-ci illərdə ATİ-nin Mərkəzi Elmi Tədqiqat Laboratoriyasında kiçik elmi işçi, baş elmi işçi və patofiziologiya şöbəsinin müdiri vəzifələrində işləmiş 1984-cü ildə farmakologiya kafedrasında pedaqoji fəaliyyətə başlamış, 1986-cı ilə kafedranın professoru, 1995-ci ildə müdiri seçilmişdir. Kafedrada perspektivli gənc pedoqoji kadrların hazırlanmasına xüsusi diqqət verən professor M.N.Əliyevin rəhbərliyi altında 2 doktorluq və 4 namizədlik dissertasiyası yerinə yetirilmişdir. O, 110 elmi məqalənin, 8 səmərələşdirici təklifin və 1 dərs vəsaitinin müəllifi olmuşdur.

2000-2024-cü illərdə kafedraya t.e.d., professor Musa Mehdi oğlu Qəniyev rəhbərlik etmişdir. O, 1985-ci ildə «Beyinin katexolaminergik və QAYT-ergik sistemlərinin psixostimulyator sidnokarbın (mezokarb) təsir mexanizmində rolu» mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə edərək, tibb elmləri namizədi, 1994-ci ildə isə, «Atipik neyroleptiklərin dofaminergik mexanizmlərinin öyrənilməsi: neyrofarmakoloji və neyrokimyəvi analizi» mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə edərək, tibb elmləri doktoru elmi dərəcəsi almışdır.

ATU-nun ictimai həyatında fəal iştirak edən M.M.Qəniyev 1988-1992-ci illərdə əczaçılıq fakültəsində dekan müavini və fakültə dekanı olmuş, 1997-ci ildən  Azərbaycan Tibb Universiteti farmakologiya kafedrasının professoru, 2000-ci ildə həmin kafedranın müdiri seçilmişdir.

Professor M.M.Qəniyevin rəhbərliyi altında 2013-2016-cu illərdə 12 namizədlik və 1 doktorluq dissertasiyası yerinə yetirilərək, uğurla müdafiə edilmişdir.

O, 200-ə qədər elmi məqalənin, o cümlədən 11 dərslik, 9 dərs vəsaiti, 9 tədris-metodik vəsait və bir neçə patentin müəllifidir.

Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyi və Azərbaycan Tibb Universitetinin fəxri fərmanları ilə təltif olunmuşdur.

2010-cı il sentyabr ayının 20-də Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyevin sərəncamı ılə "Əməkdar müəllim" fəxri adına layiq görülmüşdür.

2024 – cü ildən kafedraya, dosent Kamandar Mehdi oğlu Yaqubov rəhbərlik edir. K.M.Yaqubov 2011-2017-ci illərdə II Müalicə-profilaktika fakültəsinin dekan müavini, 2017-2022-ci illərdə Əczaçılıq fakültəsinin dekanı vəzifəsinə işləyib. 2012-ci ildən hal hazıradək Virtual Test Mərkəzinin nəzarət qrupunun rəhbəri vəzifəsində işləyir. 2022-ci ildən isə ATU-nun Tədris Departament rəhbəri vəzifəsində çalışır. 

Farmakologiya kafedrasında 26 nəfər professor-müəllim heyəti çalışır:

2 nəfər professor (t.e.d., M.M.Qəniyev, t.e.d. V.Y.Əsmətov);

10 nəfər dosent (b.ü.f.d. K.M.Yaqubov, t.ü.f.d. D.Ə.Həsənova, t.ü.f.d. A.N.Əliyev, t.ü.f.d. G.A.Hüseynova, t.ü.f.d. F.D.Abdulkərimova, b.ü.f.d. Xanım Aydın qızı, b.ü.f.d. E.A. Şadlinski, b.ü.f.d. S.M. Babayeva, ə.ü.f.d. S.H.Məhərrəmova, ə.ü.f.d. Ü.M.Məcidova);

6 nəfər baş müəllim (b.ü.f.d. Ş.M. Poluxova, t.ü.f.d. İ.A.Tahirov, ə.ü.f.d. G.N.Qasımova, t.ü.f.d. R.M. Abdullayeva, N.T.Bayramov, M.S. İsmayılova);

5 nəfər assistent (b.ü.f.d. E.M.Musayeva, t.ü.f.d. A.U.Kazımova, ə.ü.f.d. M.F.Rüstəmova,  M.F.Heybətova, B.A.Əliyeva);

3 nəfər baş laborant (A.R.Cəbrayılova, G.Q.Piriyeva, N.E.Şamayeva)