Hərbi Cərrahiyyə kafedrası Azərbaycan Respublikası  Prezidentinin 2000-ci ildə Hərbi Tibb Fakültəsinin yaradılması barədə sərəncamı ilə fəaliyyətə başlamışdır.

Hərbi Cərrahiyyə kafedrası Azərbaycan Respublikası  Silahlı Qüvvələrin Baş Klinik Hospitalının bazasında fəaliyyət göstərir. Kafedrada Hərbi Tibb Fakültəsinin  hərbi həkim hazırlığı kurslarının kursantlarına və Universitetinin Müalicə-profilaktika fakültələrinin  tələbələrinə  Hərbi Səhra Cərrahiyyəsi, hərbi feldşer hazırlığı kurslarının kursantlarına isə Hərbi Səhra Cərrahiyyəsi, Ümumi cərrahiyyə və Travmatologiya fənləri tədris edilir.