SSRİ-nin dövlət strukturlarının ləğvi, MDB-nin yaranması və Azərbaycan Respublikası müstəqil olandan sonra ölkəmizdə Mülki Müdafiə (MM) sisteminin idarə olunmsını 1991-1997-ci illərdə Respublika MM Qərargahı, 1997-2005-ci illərdə isə Azərbaycan Respublikası Müdafiə Nazirliyinin MM idarəsi həyata keçirib. 2005-ci il dekabrın 16-da yaradılan Azərbaycan Respublikası Fövqəladə Hallar Nazirliyi hal-hazırda ölkədə MM sahəsində dövlət siyasətini həyata keçirən mərkəzi icra hakimiyyəti orqanıdır.
Azərbaycan Respublikasında Mülki Müdafiə Qərargahının yaranması ilə Azərbaycan Tibb Universitetinin yaranması təqribən eyni illərə təsədüf edir. Ancaq Tibb Universitetində Mülki Müdafiə Qərargahının hansı ildə yaranması haqqında məlumat yoxdur. Azərbaycan Tibb Universitetinin Mülki Müdafiə Qərargahı Universitetin əməkdaşlarının, tələbələrinin və ərazisinin təhlükəsizliyini sülh və müharibə dövründə təmin etmək üçün tədbirlər planları hazırlayır və həyata keçirir.
1940-cı ildə ATU-nun indiki inzibati binasının zirzəmisində radiasiya əleyhinə daldalanacaq (RƏD) tikilib. 1968-ci ildə tərtib edilmiş akta əsasən daldalanacaq kütləvi qırğın silahlarından əhalinin müdafiəsi üçün yararsız hesab edilib. 2020-ci ilə qədər RƏD yalnız anbar kimi istifadə edilib.
2020-ci ildə aparılmış əsaslı təmir işlərindən sonra RƏD əhalinin mühafizəsi üçün hazırdır.
22 avqust 1968-ci ildə tərtib edilən aktda göstərildiyi kimi o vaxtlar ATU-nin Mülki Müdafiə Qərargahıının rəisi Q.İ.Butkarayev olub. Sonralar bu vəzifəni aprel 1999-cu ilədək V.İ.Raskin və 1999-cu ilin aprelindən 2004-cü ilin sentyabr ayına qədər Fərman Əliyev yerinə yetirib.
2004-cü ildən indiyə qədər Mülki Müdafiə Qərargahının rəisi ehtiyatda olan mayor Firdovsi Ələsgər oğlu Məmmədovdur.