Şöbənin əsas vəzifəsi ATU-da keyfiyyətin idarə edilməsi sisteminin yaradılmasından, Təhsilin Keyfiyyətinin Təminatı haqqında Bəyannamənin müddəalarının icrasından, eləcə də yeni metodların tədrisdə istifadəsini təmin etməkdən ibarətdir.
Təhsilin Keyfiyyətinin Təminatı haqqında Bəyannamə Azərbaycan Tibb Universitetinin Elmi Şurasının 27 fevral 2017-ci il tarixli qərarı (protokol № ) və Mərkəzi Metodik Komissiyanın 15 fevral tarixli qərarı (protokol № 2) ilə qəbul edilmişdir.

Tədris prosesinin və təhsil proqramlarının keyfiyyətinin təminatı şöbənin işlərinin prioritet istiqamətlərindəndir. Bu məqsədlə “Təhsilin keyfiyyətinin təminatı və innovasiya“ şöbəsi aşağıdakıları həyata keçirir:
    Tədris prosesində Avropa Kredit Transfer Sisteminin tətbiqi ilə əlaqədar yeni forma və metodların işlənib hazırlanması;
    Fənnlər üzrə tədris proqramlarının tərtibinə nəzarət;
    Məşğələ və mühazirələrin fənn proqramlarına uyğun planlarının tərtibi;
    Dərsliklərin və dərs vəsaitlərinin fənnin mövcud proqramina uyğunluğuna nəzarət;
    Dərslik, dərs vəsaitləri və metodik tövsiyələrin Mərkəzi Metodik Komissiyada müzakirəsinin təşkili;
    Tədris prosesində yeni texniki vəsaitlərdən istifadə olunmasında professor-müəllim heyətinə kömək - vəsaitlərin istifadəsinə aid metodiki göstərişlərin tərtibi;
    Imtahan biletləri və testlərinin, situasiya məsələlərin və s. yoxlama formalarının yenidən tərtib edilməsinə metodik kömək;
    Pedaqoji fəaliyyəti təkmilləşdirmək məqsədilə metodik konfransların, mühazirələrin və seminarların təşkili;
    Metodik işlərin təkmilləşdirilməsində kafedralara kömək;
    Rezidentlər üçün tədris proqramlarının hazırlanmasına metodik nəzarət;