Universitet Həmkarlar İttifaqı Komitəsi universitetin yarandığı gündən bu günə qədər fəaliyyətini uğurla davam etdirir. Tibb İnstitutu təşkil edilən ilk günlərdən bu təşkilat ali təhsilli kadrların hazırlanması işində mühüm rol oynamışdır. Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin qarşısında duran ən vacib məsələlərdən biri əməkdaşların sosial problemlərinin həlli olmuşdur. Hər il onlarla əməkdaş Həmkarlar İttifaqı xətti ilə keçmiş SSRİ  - nin və xarici ölkələrin istirahət evlərinə göndərilmiş, müxtəlif şəhərlərə, tarixi yerlərə səyahətlərə çıxmışlar. Universitet Həmkarlar İttifaqı Təşkilatı hər il keçirilən və beş ildən bir yekun vurulan kollektivlərarası, kadrlararası yarışların, “Ən yaxşı kafedra” uğrunda, “İlin ən yaxşı tədqiqatçısı” və s. müsabiqələrin təşkilatçısı olmuşdur. Müxtəlif vaxtlarda Universitet Həmkarlar İttifaqı Komitəsinə professor Nəcməddin Hacıyev, dosent Əhməd Rəştiyev, professor Şəmil Səlimxanov, professor Zərifə Zeynalova,  professor Eyyub Rəhimov, dosent Şəmsi Həsənov, dosent Sabir Səfərov, dosent Vaqif Şadlinski və Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin nüfuzunu kollektiv arasında daha da artırmış 1994 – cü ildən 2010 – cu ilin noyabr ayına qədər professor Surxay Musayev rəhbərlik etmişdir. 2010 – cu ilin noyabr ayında Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin sədri vəzifəsinə dosent Cahangir Qasımov seçilmişdir.
  Respublikamız müstəqillik qazanana qədər keçmiş Sovetlər İttifaqının hər yerində olduğu kimi Tibb Universitetində də Həmkarlar İttifaqı Komitəsi müstəqil olmamış Universitet Partiya Komitəsinin rəhbərliyi altında fəaliyyət göstərmişdir. Yalnız 1994 – cü ilin fevral ayının 24 – də 792 № - li fərmanla Azərbaycan Respublikası Prezidenti Ulu öndər Heyədər Əliyev cənabları müstəqil respublikamızın tarixində ilk dəfə olaraq “Həmkarlar İtifaqları haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanununu təsdiq etdi. İnsan hüquqlarının Ümumi Bəyannaməsi, Beynəlxalq Əmək təşkilatının konvensiya və tövsiyələrinə istinadən hazırlanmış bu qanun Azərbaycan Respublikasında Həmkarlar İttifaqlarının hüquqlarını, onların üzvlərinin əmək, sosial, iqtisadi hüquqlarının və qanuni mənafelərinin müdafiəsi üçün geniş fəaliyyət təminatlarını müəyyən etdi. 1997 – ci ilin aprel ayında qəbul edilmiş “Fərdi əmək müqavilələri (kontraktları) haqqında” və sonra “Kollektiv müqavilə və sazişlər haqqında”, “Məzuniyyətlər haqqında”, “Fərdi əmək mübahisələrinin həlli qaydası haqqında” Azərbaycan Respublikası qanunlarında, eləcə də 1999 – cu ildə təsdiq olunmuş, “Azərbaycan Respublikası Əmək Məcəlləsində” Həmkarlar İttifaqı təşkilatlarının bu sahədə hüquq və vəzifələri daha da genişləndirilmişdir.
  Son illər yeni tədris klinikalarının istifadəyə verilməsi və onlarla əməkdaşların işə cəlb edilməsi nəticəsində Həmkarlar İttifaqı Komitəsi ətrafında əməkdaşların sayı 3500 nəfərdən artıq professor və müəllim heyəti o cümlədən, texniki işçiləri olmuşdur. Həmkarlar İttifaqı üzvləri 12 ilk təşkilatda birləşiblər. (1 və 2 müalicə - profilaktika fakültələri, pediatriya, tibbi profilaktika və tibbi biologiya fakültəsi, stomatologiya, əczaçılıq fakültələri, inzibati – təsərrüfat işçiləri, “Təbib” nəşriyyatı və universitet klinikaları ilə Həmkarlar İttifaq təşkilatları). Təşkilatın ali orqanı 5 ildən bir keçirilən hesabat – seçki konfransıdır. Axırıncı XII konfrans 112 nümayəndənin iştirakı ilə 23 may 2012 – ci il tarixdə keçirilmişdir. Konfransda 25 nəfərdən ibarət Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin və 7 nəfərdən ibarət təftiş komissiyası seçilmişdir. Konfransda universitet rektorluğu ilə kollektiv müqavilə bağlanmışdır ki, bu da rektorluqla Həmkarlar İttifaqı Komitəsi arasında münasibətlərin tənzimlənməsində böyük rol oynayır.
  Universitetin Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin qarşısında duran ən vacib məsələlərdən biri əməkdaşların sosial – iqtisadi problemlərinin həllinə köməklik etməklə bağlıdır. Odur ki, Universitet Həmkarlar İttifaqı Komitəsi rektorluqla birlikdə bu çətinliyi bir qədər azaltmaq məqsədilə,  hələ 1990-cı illərin əvvəllərindən yollar axtarmağa başladı. 1991 – 1995 – ci illərdə əməkdaşların ailə büdcəsinə kömək məqsədilə Universitet Həmkarlar İttifaqı Komitəsi müxtəlif ərzaq məhsullarının ucuz qiymətə satışını təşkil etmişdir. Lakin sonralar özəl sektorun genişlənməsi, dövlət ticarət sektorunun xüsusilə topdan – satış bazarının demək olar ki, fəaliyyət göstərməməsi səbəbindən bu işlə məşğul olmaq mümkün olmadı. 1994 – cü ilin mart ayında Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin təqdimatı ilə qazanılmış vəsait hesabına rektorluq tərəfindən əməkdaşlara ilk yardım edildi. Sonralar bir neçə dəfə təkrar olundu. 1995 – ci ilin yanvar ayından isə bu yardım hər ay əməkdaşlara verilməyə başladı. 1997 – ci ilin sentyabr ayından bu günə qədər verilən yardım bir neçə dəfə artmışdır. Hal – hazırda isə əməkdaşların tutduğu vəzifə və ya xidmət sahəsinin ağırlığına görə təyin olunur. 2010 – cu il sentyabr ayının 1 – dən, yəni universitetin 80 illik yubleyi ilə əlaqədar bu yardım 50% qaldırıldı.
  2010-cu ildən 2015-ci ilə qədər universitetin xüsusi vəsaitləri hesabına verilən aylıq əmək haqqı dəfələrlə artırılmışdır. Axırıncı dəfə belə artım 2015-ci ilin aprel ayının 1-in də  professor- müəllim heyətinin əlavə əmək haqqı təxminən 40-45 % artmışdır.
  Əməkdaşlara kömək məqsədilə universitet Həmkarlar İttifaqı Komitəsi də öz büdcəsindən hər il 15 000 (on beş min) manata qədərini maddi yardımların verilməsinə yönəltmişdir. Beləki,  2014 – cü ildə  336 nəfərə 14950 (on dörd min doqquz yüz əlli ) manat yardım edilmişdir. Bundan əlavə universitetdə işləyən şəhid anaları Bəşirova Nübar Kamil qızı, Abdulkərimova Sofiya Nəbi qızı və Həsənova Bəsti Muxtar qızı Universitet Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin himayəsinə götürülmüş və hər ay onlara maddi yardım verilir.
  Respublika sanatoriya və istirahət evlərinin əksəriyyətində qaçqın və köçkünlərin məskunlaşdığı, digər ölkələrin istirahət evlərinə göndərişlər olmadığını nəzərə alaraq 1994 – cü ilin may ayında rektorluğun və Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin birgə qərarı ilə demək olar ki, məqsədəyönlü istifadə olunmayan Nabrandakı“ Təbib” idman-sağlamlıq düşərgəsi əməkdaşların Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin sərəncamına verildi və elə həmin il orada təcili təmir – abadlıq işləri aparıldı. Ümumiyyətlə 2013-cü ildən bütövlükdə “Nabran” istirahət ocağının maliyyələşməsi Həmkarlar İttifaqı Komitəsinə verilmişdir.
  “Təbib” istirahət düşərgəsində əməkdaşların istirahətini daha yaxşı təşkil etmək məqsədilə hər ilin may-iyun aylarında təmir və abadlıq işləri aparılır. İstirahət edən əməkdaşların  qidalanmasını daha yaxşı təşkil etmək məqsədilə, 2013-cü ildə düşərgənin yeməkxanası sökülərək tamamı ilə yenidən qurulmuş və təzə soyuducularla təmin olunmuşdur. Ona görə də son illər əməkdaşlara verilən yeməklərin keyfiyyətinə müsbət təsir edərək, əməkdaşlar tərəfindən böyük rəğbət hissi ilə qarşılanır. 2014 – cü ildə yumşaq yataq dəstləri, soyuducular, plastik stol və stullar, digər invertarlar da alınmışdır. İndi hər il 480 nəfərə yaxın professor -müəllim heyəti, texniki işçilər və onların ailələri, o cümlədən 50 nəfərə yaxın tələbə öz istirahətini Nabranda keçirmək imkanına malikdir. Bu gün “Təbib” istirahət düşərgəsində bir nəfərin istirahətini təşkil etməyin maya dəyəri 197 manat 84 qəpik təşkil edir. Lakin bunun 162 manat 84 qəpiyini Həmkarlar İttifaqı Komitəsi, cəmisi 35 manatını əməkdaşlar ödəyir. Beləliklə, bu gün əməkdaşlarımız 35 (otuz beş) manat ödəyərək 15 gün ərzində 3 dəfə yeməklə təmin olunmaq şərti ilə “Təbib” istirahət düşərgəsində istirahət etmək imkanına malikdir. Əməkdaşların istirahəti ilə yanaşı onların müalicəsi də Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin daim diqqətində olmuşdur. Təkcə 2014-cü ildə 21 nəfər əməkdaş Bilgəh, Şıx, Abşeron və Naftalanda yerləşən“ Çinar” müalicə ocaqlarında müalicələr almışdırlar.
  Universitetdə işləyən təqaüdçülərə diqqət göstərməyi Universitet Həmkarlar İttifaqı Komitəsi özünün vəzifə borcu hesab edir. Odur ki, təqüdçülərə, “Əmək veteranı” adı verilməsi tədbirini könüllü olaraq komitə öz üzərinə götürmüş və indiyə qədər universitet düşərgəsində 400 nəfərdən çox “Əmək veteranı” adı alaraq bu fəxri adın verildiyi imtiyazlardan istifadə edirlər. Universitet Veteranlar Şurasının fəaliyyəti bərpa olunmuş və onların səmərəli fəaliyyət göstərməsi üçün Həmkarlar İttifaqı Komitəsi əlindən gələni edir.
  Həmkarlar İttifaqı Komitəsi müxtəlif mədəni-kütləvi tədbirlərin keçirilməsinə xüsusi qayğı göstərir. Milli Dram, Opera və Balet, Dövlət Musiqili və Gənc tamaşaçılar teatrında hər ay tamaşalara baxış təşkil olunur.  Bununla yanaşı əməkdaşların uşaqları da bayramlarda diqqətdən kənarda qalmır. Beləki, hər il “Dünya Azərbaycanlarının həmrəyliyi” və “Yeni il” bayramı, “Novruz” bayramlarında uşaqlar üçün bayram tədbirlərinə biletlər alınaraq paylanılır.
  Universitetin qızlardan ibarət “Çinar” rəqs ansamblı, Şən və hazırcavablar klubunun “Eskulap” komandası daim Həmkarlar İttifaqının diqqət mərkəzindədir və onlara hərtərəfli yardım göstərilir. Son illər “Çinar” rəqs ansamblının bədii rəhbərinin dəyişməsi və Tahir Eynullayevin bədii rəhbər təyin olunması ansamblda kifayət qədər dəyişikliklərə səbəb olmuşdur. Bunun nəticəsi olaraq “Çinar ”rəqs ansamblı artıq dəfələrlə televiziya verlişlərində Azərbaycan Tibb Universitetini layiqli təmsil etmişdir. Hər il ənənəvi olaraq Universitetin tələbə şəhərciyində məzunların buraxılış gecələrinin təşkili bilavasitə Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin fəaliyyətinin nəticəsidir. Bir sözlə universitet həyatı ilə bağlı bütün tədbirlərdə Həmkarlar İttifaqı Komitəsi müşahidəçi mövqeyində durmur, əksinə var qüvvəsi ilə çalışır. Bütün tədbirlərdə Həmkarlar İttifaqı Komitəsi öz işini daha da təkmilləşdirir, əməkdaşların qanuni mənafelərinin qorunması, sosial problemlərin həlli istiqamətində əlindən gələni edir.