Azərbaycan Dövlət Universitetinin Tibb fakültəsinin ilk Pediatriya kafedrası N.Nərimanov adına Uşaq Xəstəxanasının nəzdində yaradılmış və 1924-1930-cu illərdə kafedraya prof.A.S.Karnitski rəhbərlik etmişdir.

1930-1935-ci illərdə kafedranın müdiri olan B.P.Bruxanski, eyni zamanda N.K.Krupskaya adına “Ana və uşaqları mühafizə” institutunun direktoru olmuşdur.

1935-ci ildə kafedraya rəhbərlik Z.A.Hüseynbəyovaya həvalə edilmişdir. Həmin vaxtlarda kafedranın əməkdaşları tərəfindən  məhsuldar pedaqoji və elmi-tədqiqat işləri aparılmışdır. Bu dövrdə elmi-tədqiqat işlərinin əsas mövzusunu revmatizm və Azərbaycanda diyar patologiyası problemləri təşkil etmişdir.

1940-1955-ci illərdə kafedraya prof.C.Q.Şteyn rəhbərlik etmişdir. Bu dövrdə kafedranın elmi problem mövzusu revmatizm, raxit və malyariya olmuşdur. 1948-ci ildə klinika Bakı şəhərindəki 2 saylı uşaq poliklinikası ilə birləşdirilmişdir. 1956-1959-cu illərdə kafedraya yenidən professor Z.A.Hüseynbəyov (1900-1959) rəhbərlik etmişdir. Alim, coşqun elmi və pedoqoji fəaliyyətlə yanaşı respublikamızda uşaqlar arasında geniş yayılmış xəstəliklərin diyar patologiyasının aktual problemlərinin öyrənilməsi ilə əlaqədar böyük iş aparmışdır.

1963-1965-ci illərdə kafedranın müdiri N.X.Mustafayeva, 1965-1970-ci illərdə akademik A.Ə.Namazova olmuşdur. Revmatizmlə mübarizə məqsədilə akademik A.Ə.Namazovanın rəhbərliyi altında respublika kardiorevmatoloji mərkəzi təşkil edilmiş, burada revmatizmdən başqa uşaqlarda  damar distoniyasının klinik əlamətlərinin xüsusiyyətlərinin öyrənilməsinə böyük diqqət ayrılmışdır.

1970-1992-ci illərdə Müalicə-profilaktika və stomatologiya fakültəsinin uşaq xəstəlikləri kafedrasına prof.N.A.Hüseynova rəhbərlik etmişdir. 70-ci illərin əvvəllərindən kafedrada uşaqlarda mədə-bağırsaq və hepatobiliar sisteminin xəstəlikləri öyrənilməyə başlanmışdır. İstedadlı alim, Respublikanın əməkdar həkimi, professor N.A.Hüseynovanın Azərbaycanda uşaqlar arasında mədə-bağırsaq pozğunluqlarının öyrnilməsində böyük əməyi vardır. Onun “1 yaşa qədər sağlam və xəstə uşaqların dietetikasında turş və şirin qarışıqlar” (1955) adlı namizədlik, “Mədə-bağırsaq pozuntusu keçirmiş erkən yaşlı uşaqlarda klinik-biokimyəvi paralellər” adlı doktorluq (1969) dissertasiyaları tibb aləmində yüksək qiymətləndirilmişdir. İlk dəfə olaraq uşaqlarda endoskopik, bakterioloji və ultrasəs tədqiqat metodlarından istifadə olunmuşdur. Onun rəhbərliyi altında 3 namizədlik dissertasiyası müdafiə olunmuşdur.

1992-ci ildən 2017-ci ilin noyabr ayına qədər kafedraya ə.e.x., prof. N.C.Quliyev rəhbərlik etmişdir. N.C.Quliyev 1981-ci ildə namizədlik, 1991-ci ildə doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. Onun rəhbərliyi atında kafedrada 8 namizədlik, 2 doktorluq dissertasiyası müdafiə olunmuşdur.

Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin baş pediatrı, əməkdar elm xadimi, professor N.C.Quliyev K.Y.Fərəcova adına Elmi-Tədqiqat Pediatriya İnstitutunun direktoru, Türk Dünyası Pediatrlar Birliyinin prezidenti, 2009-cu ildə Müstəqil Dövlətlər Birliyinin (MDB) Pediatrlar Federasiyasının vitse prezidenti vəzifəsinə seçilmişdir. Səhiyyə Nazirliyinin və Pediatriya institutunun birgə təsis etdiyi Azərbaycan Perinatologiya və Pediatriya Jurnalı”nın baş redaktorudur. 2000-ci ildə əməkdar elm xadimi fəxri ada layiq görülmüş və 2007-ci ildə isə Tərəqqi medalı ilə təltif edilmişdir. 300-ə qədər elmi məqalənin müəllifidir.

2017-ci  ilin dekabr ayından kafedraya professor S.Ş.Həsənov rəhbərlik edir.

Səfixan Şamil oğlu Həsənov 1988-ci ildə namizədlik, 1996-cı ildə doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. O, 1999-cu ildən Azərbaycan Tibb Universitetinin Neonatologiya kafedrasının professoru, 2005-2012-ci illərdə K.Y.Fərəcova adına ET Pediatriya İnstitutunun  elmi işlər üzrə direktor müavini, 2010-2016-cı illərdə Neonatologiya kafedrasının müdiri vəzifələrində çalışmışdır. S.Həsənov 200-dən artıq elmi məqalənin, o cümlədən 10 metodik tövsiyənin, 3 tədris metodik vəsaitin, 2 dərs vəsaitinin, 3 səmərələşdirici təklifin, 1 ixtiranın müəllifidir. Onun rəhbərliyi ilə 12 tibb üzrə fəlsəfə doktoru dissertasiyası yerinə yetirilmiş və AAK tərəfindən təsdiq olunmuşdur: hazırda 3 tibb üzrə elmlər doktoru, 5 tibb üzrə fəlsəfə doktoru dissertasiyası yerinə yetirilir. S.Ş.Həsənov Beynəlxalq Homotoksikologiya və Antihomotoksik terapiya cəmiyyətinin üzvüdür. Neonatologiyanın İnkişafına Yardım İctimai Birliyinin sədridir. Azərbaycan Perinatologiya və Pediatriya jurnalının elmi redaktorudur.

Hazırda kafedranın professor –müəllim heyəti 35 nəfərdən (3 professor, 8 dosent, 16 assistent) ibarətdir.  Onlar tədris, tədris-metodik, elmi işləri yerinə yetirməklə yanaşı, pediatriya institutunun klinik şöbələrində əzmlə fəaliyyət göstərirlər.